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- PDB-1e5n: E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5n
タイトルE246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / FAMILY 10 / XYLAN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain ...Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Jenkins, J.A. / Harris, G.W. / Pickersgill, R.W.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: X-ray crystallographic study of xylopentaose binding to Pseudomonas fluorescens xylanase A.
著者: Leggio, L.L. / Jenkins, J. / Harris, G.W. / Pickersgill, R.W.
#1: ジャーナル: Enzyme Microb.Technol. / 年: 1999
タイトル: Xylanase-Oligosaccharide Interactions Studied by a Competitive Enzyme Assay
著者: Lo Leggio, L. / Pickersgill, R.W.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Refined Crystal Structure of the Catalytic Domain of Xylanase a from Pseudomonas Fluorescens at 1.8 Angstrom Resolution
著者: Harris, G.W. / Jenkins, J.A. / Connerton, I. / Pickersgill, R.W.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Structure of the Catalytic Core of the Family F Xylanase from Pseudomonas Fluorescens and Identification of the Xylopentaose-Binding Sites
著者: Harris, G.W. / Jenkins, J.A. / Connerton, I. / Cummings, N. / Lo Leggio, L. / Scott, M. / Hazlewood, G.P. / Laurie, J.I. / Gilbert, H.J. / Pickersgill, R.W.
履歴
登録2000年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5356
ポリマ－77,0972
非ポリマー1,4374
水00
1
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2673
ポリマ－38,5491
非ポリマー7192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2673
ポリマ－38,5491
非ポリマー7192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.700, 96.700, 152.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.997297, 0.059884, 0.042586), (0.053653, 0.197411, 0.978852), (0.05021, 0.97849, -0.20009)
ベクター: 147.4528, -44.9175, 46.7961)

-
要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A / XYLANASE A


分子量: 38548.609 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 264-611 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TRUNCATED CATALYTIC DOMAIN, AA 264-611 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / Variant: SUBSP CELLULOSA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P14768, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose- ...beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION GLU246CYS ENDOHYDROLYSIS OF 1,4-BETA-D-XYLOSIDIC LINKAGES IN XYLANS
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP (10 MG/ML OF PROTEIN) WITH A RESERVOIR OF 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200 MM CALCIUM ACETATE, 1 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 14-18% PEG 8000
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium cacodylate1reservoir
3200 mMcalcium acetate1reservoir
41 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
514-18 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MULTIWIRE SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.7 Å / Num. obs: 11399 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.144
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.364 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.144
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.364

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1CLX

1clx


解像度: 3.2→29.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.0088 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED GROUPED B FACTORS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE (ARG 347) WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 773 6.8 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 11396 90.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5400 0 94 0 5494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.32
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2LOCAL PARAMETER FILE FOR XYLOPENTAOSELOCAL TOPOLOGY FILE FOR XYLOPENTAOSE
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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