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万見
- PDB-1e52: Solution structure of Escherichia coli UvrB C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+52
タイトルSolution structure of Escherichia coli UvrB C-terminal domain
要素EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT
キーワードDNA EXCISION REPAIR / UVRB / DNA REPAIR / UVRC BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / excinuclease ABC activity / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / excinuclease repair complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / SOS response / nucleotide-excision repair / response to radiation / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...: / excinuclease ABC activity / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / excinuclease repair complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / SOS response / nucleotide-excision repair / response to radiation / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain ...UVR domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / Few Secondary Structures / Irregular / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein B / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Alexandrovich, A.A. / Kelly, G.G. / Frenkiel, T.A. / Moolenaar, G.F. / Goosen, N.N. / Sanderson, M.R. / Lane, A.N.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2001
タイトル: Solution Structure, Hydrodynamics and Thermodynamics of the Uvrb C-Terminal Domain.
著者: Alexandrovich, A.A. / Czisch, M.M. / Frenkiel, T.T. / Kelly, G.G. / Goosen, N.N. / Moolenaar, G.G. / Chowdhry, B.B. / Sanderson, M.M. / Lane, A.A.
履歴
登録2000年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.42020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT
B: EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9032
ポリマ－14,9032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100MINIMAL ENERGY/VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT


分子量: 7451.461 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 618-673 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: PP3398 / 遺伝子: UVRB / プラスミド: PNP118 / 遺伝子 (発現宿主): UVRB(DOMAIN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07025, UniProt: P0A8F8*PLUS
構成要素の詳細CHAIN A, B ARE THE UVRC-BINDING DOMAIN OF UVRB

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED HSQC-NOESY
12113C-EDITED HSQC-NOESY
13113C/12C-FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN. INTERMOLECULAR DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED

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試料調製

詳細内容: 1 MM PROTEIN
試料状態イオン強度: 0.2 M / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITH NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMAL ENERGY/VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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