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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wmj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of EIAV vaccine gp45 | ||||||
要素 | (EIAV vaccine gp45) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / alpha-helix / virus fusion / envelope | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equine (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Du, J. / Qiao, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A mutation associated with EIAV vaccine strain within heptad repeat of EIAV gp45 provides insight into vaccine development for HIV 著者: Liu, X. / Du, J. / Qiao, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wmj.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wmj.ent.gz | 21.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wmj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wmj_validation.pdf.gz | 427.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wmj_full_validation.pdf.gz | 429 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wmj_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wmj_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/3wmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/3wmj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6580.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equine (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2E2L9*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4450.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equine (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2E2L9*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M sodium acetate trihydrate, 30%(v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月9日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→26.022 Å / Num. obs: 8643 / % possible obs: 11 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.998→2.02 Å / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.998→26.022 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.998→26.022 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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