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- PDB-1e2y: Tryparedoxin peroxidase from Crithidia fasciculata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e2y
タイトルTryparedoxin peroxidase from Crithidia fasciculata
要素TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-CYS PEROXIREDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
thioredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種CRITHIDIA FASCICULATA (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Alphey, M.S. / Bond, C.S. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Structure of Reduced Tryparedoxin Peroxidase Reveals a Decamer and Insight Into Reactivity of 2Cys-Peroxiredoxins
著者: Alphey, M.S. / Bond, C.S. / Tetaud, E. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
履歴
登録2000年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
B: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
C: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
D: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
E: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
F: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
G: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
H: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
I: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
J: TRYPAREDOXIN PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,48820
ポリマ－213,13410
非ポリマー35510
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19880 Å2
ΔGint-226.59 kcal/mol
Surface area67530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.800, 97.200, 133.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.30688, 0.40048, 0.86339), (-0.31193, 0.89938, -0.3063), (-0.89918, -0.17532, 0.40093)-43.37218, 57.19762, 131.65608
2given(-0.79908, 0.3248, 0.50593), (-0.09331, 0.76432, -0.63805), (-0.59393, -0.55706, -0.58045)77.52654, 76.39287, 215.4958
3given(-0.80562, -0.15994, -0.57044), (0.27859, 0.74748, -0.60304), (0.52284, -0.64474, -0.55762)196.63828, 45.45707, 131.04214
4given(0.32192, -0.33853, -0.88418), (0.40605, 0.89301, -0.19407), (0.85527, -0.29654, 0.42494)146.92734, -8.48359, -0.79172

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要素

#1: タンパク質
TRYPAREDOXIN PEROXIDASE / TRYP


分子量: 21313.393 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CRITHIDIA FASCICULATA (真核生物)
解説: PLASMID TRANSFORMED INTO E. COLI BL21(DE3) STRAIN FOR RECOMBINANT PROTEIN EXPRESSION
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CF-TRYP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9TZX2
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 12.5% PEG 1000, 100MM TRIS-HCL PH HANGING DROP CONSISITED
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of 2.5 micro litter of protein mixed with 2 micro litter of reservoir solution and 0.5 micro litter EDTA
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
20.1 MEDTA1drop
312.5 %(w/v)PEG10001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
510 %(v/v)glycerol1reservoir
6100 mMdithiothreitol1reservoir
70.25 %(v/v)DMSO1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8800,0.9790,0.9792
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.881
20.9791
30.97921
反射解像度: 3.2→21 Å / Num. obs: 52094 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.2→21 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 376643 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→21 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2625 5 %RANDOM
Rwork0.273 ---
obs0.273 52094 98.95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 12.362 Å2 / ksol: 0.205 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.84 Å20 Å25.53 Å2
2---21.76 Å20 Å2
3---7.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13179 0 10 22 13211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.41
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 175 5 %
Rwork0.41 4866 -
obs--96.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.41
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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