[日本語] English
万見
- PDB-1e2x: FadR, fatty acid responsive transcription factor from E. coli -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e2x
タイトルFadR, fatty acid responsive transcription factor from E. coli
要素FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / GntR ligand-binding domain-like / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / GntR ligand-binding domain-like / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid metabolism regulator protein / Fatty acid metabolism regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Van Aalten, D.M.F. / Dirusso, C.C. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Fadr, a Fatty Acid-Responsive Transcription Factor with a Novel Acyl Coenzyme A-Binding Fold
著者: Van Aalten, D.M.F. / Dirusso, C.C. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies of the Fatty-Acid Responsive Transcription Factor Fadr from Escherichia Coli.
著者: Van Aalten, D.M.F. / Knudsen, J. / Dirusso, C.C. / Kokko, T. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2000年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6853
ポリマ－27,4931
非ポリマー1922
水2,810156
1
A: FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
ヘテロ分子

A: FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3706
ポリマ－54,9862
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.711, 101.973, 87.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4002-

SO4

21A-2045-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN


分子量: 27493.111 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09371, UniProt: P0A8V6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化pH: 9 / 詳細: LI2SO4/(NH4)2SO4, TRIS PH 9
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.6 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropKH2PO4
310 %glycerol1drop
42.3 Mammonium sulfate1reservoir
50.75 M1reservoirLiSO4
6100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9535, 1.0
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95351
211
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 18125 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 74
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→24.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1880425.42 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SOME RESIDUES TRUNCATED TO ALA OR GLY DUE TO POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 744 4.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 17945 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9511 Å2 / ksol: 0.35566 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.27 Å20 Å20 Å2
2---8.58 Å20 Å2
3---3.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 10 156 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 110 3.9 %
Rwork0.27 2741 -
obs--94.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る