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- PDB-1e1f: Crystal structure of a Monocot (Maize ZMGlu1) beta-glucosidase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e1f
タイトルCrystal structure of a Monocot (Maize ZMGlu1) beta-glucosidase in complex with p-Nitrophenyl-beta-D-thioglucoside
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY 1 / RETENTION OF THE ANOMERIC CONFIGURATION / PNP-BETA-D-THIOGLUCOSIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase ...galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-nitrophenyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種ZEA MAYS (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Czjzek, M. / Cicek, M. / Bevan, D.R. / Henrissat, B. / Esen, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of a Monocotyledon (Maize Zmglu1) Beta-Glucosidase and a Model of its Complex with P-Nitrophenyl Beta-D-Thioglucoside
著者: Czjzek, M. / Cicek, M. / Zamboni, V. / Burmeister, W.P. / Bevan, D.R. / Henrissat, B. / Esen, A.
履歴
登録2000年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5804
ポリマ－116,9452
非ポリマー6352
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-7.62 kcal/mol
Surface area34840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.640, 118.150, 80.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97447, -0.16779, -0.14917), (0.16313, 0.07268, 0.98392), (-0.15425, -0.98314, 0.09819)
ベクター: 41.14678, -56.62112, 35.72366)

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE


分子量: 58472.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZEA MAYS (トウモロコシ) / 株: CV. MUTIN / 組織: COLEOPTILE / Organelle: CHLOROPLAST / プラスミド: PET-21A / Cell (発現宿主): PLYS S CELLS / 遺伝子 (発現宿主): GLU1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49235, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-PSG / 4-nitrophenyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / PARA-NITROPHENYL 1-THIO-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-nitrophenyl 1-thio-beta-D-glucoside / 4-nitrophenyl 1-thio-D-glucoside / 4-nitrophenyl 1-thio-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 317.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO7S
識別子タイププログラム
para-nitrophenyl-1-thio-b-D-glucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE INHIBITOR IN THE ACTIVE SITE IS DISORDERED AND PROBABLY PRESENT IN MORE THAN THE TWO DEPOSITED ...THE INHIBITOR IN THE ACTIVE SITE IS DISORDERED AND PROBABLY PRESENT IN MORE THAN THE TWO DEPOSITED CONFORMATIONS. THE TWO CONFORMATIONS CORRESPOND TO THOSE OF LOW ENERGY AND THE DISTORTED SKEW-BOAT CONFORMATION NECESSARY FOR THE CATALYTIC MECANISM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 27 % PEG 4000, 1.5 % 1,2,3-HEPTANETRIOL 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 mg/mlenzyme1drop
220 mMHEPES1drop
30.1 Msodium citrate1reservoir
40.2 Mammonium acetate1reservoir
527 %PEG40001reservoir
61.5 %1,2,3-heptanetriol1drop
75 mMpNPTGlc1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器日付: 1999年3月15日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 340923 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.59→2.65 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
Num. obs: 34732 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 137688 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CBG

1cbg


解像度: 2.6→39 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1332 3.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 34384 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.93 Å2 / ksol: 0.2966 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7934 0 42 356 8332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.62
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.862
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.395 Å / Weight position: 10
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.275 3093 -
obs--90.57 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2INHA-BOAT.PARINHA-2.TOP
X-RAY DIFFRACTION3INHA-CHAIR.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.62
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.862

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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