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- PDB-1dyr: THE STRUCTURE OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE TO ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dyr
タイトルTHE STRUCTURE OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE TO 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDO-REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / TRIMETHOPRIM / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pneumocystis carinii (ニューモシスチス)
手法X線回折 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Champness, J.N. / Achari, A. / Ballantine, S.P. / Bryant, P.K. / Delves, C.J. / Stammers, D.K.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: The structure of Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase to 1.9 A resolution.
著者: Champness, J.N. / Achari, A. / Ballantine, S.P. / Bryant, P.K. / Delves, C.J. / Stammers, D.K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Data for Pneumocystis Carinii Dihydrofolate Reductase
著者: Stammers, D.K. / Delves, C. / Ballantine, S. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Achari, A. / Bryant, P.K. / Champness, J.N.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1993
タイトル: Refolding of Recombinant Pneumocystis Carinii Dihydrofolate Reductase and Characterization of the Enzyme
著者: Delves, C.J. / Ballantine, S.P. / Tansik, R.L. / Baccanari, D.P. / Stammers, D.K.
履歴
登録1994年9月14日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_keywords / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9543
ポリマ－23,9191
非ポリマー1,0362
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.900, 43.600, 37.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 71
2: GLY 124 - GLY 125 OMEGA = 1.21 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pneumocystis carinii (ニューモシスチス)
解説: RAT-DERIVED / 遺伝子: C-DNA P.CARINII DHFR / プラスミド: PT7-7 / 遺伝子 (発現宿主): C-DNA P.CARINII DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16184, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Stammers, D.K., (1993) J.Mol.Biol., 230, 679.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-19 %(w/v)PEG34001reservoir
250 mMMES1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 日付: 1992年6月24日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 15602 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 41714 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.91 Å / % possible obs: 39 % / Num. unique obs: 1193 / Mean I/σ(I) obs: 2.61

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROFFT精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 1.86→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.181 14605
原子変位パラメータBiso mean: 23.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 69 163 1910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0420.045
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3590.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4132
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.2722
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.9164
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2150.01
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1910.15
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1840.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2150.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.42
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.910
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor23.910
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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