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- PDB-1dxj: Structure of the chitinase from jack bean -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxj
タイトルStructure of the chitinase from jack bean
要素CLASS II CHITINASE
キーワードHYDROLASE / FAMILY 19 GLYCOSIDASE / ALPHA HELICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / defense response / cell wall macromolecule catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CANAVALIA ENSIFORMIS (タチナタマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hahn, M. / Hennig, M. / Schlesier, B. / Hohne, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structure of Jack Bean Chitinase
著者: Hahn, M. / Hennig, M. / Schlesier, B. / Hohne, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Refined Structure of the Chitinase from Barley Seeds at 2.0 A Resolution
著者: Song, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of an Endochitinase from Hordeum Vulgare L. Seeds
著者: Hartmonzingoready, E.J.
履歴
登録2000年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS II CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2352
ポリマ－26,1391
非ポリマー961
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.690, 67.690, 110.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 CLASS II CHITINASE


分子量: 26139.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANAVALIA ENSIFORMIS (タチナタマメ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: O81934, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION: 15 MG/ML PROTEIN BUFFER: 0.1 M TRIS, PH 9.5, PRECIPITANT: 1.6 M AMMONIUM SULFATE MIXING EQUAL VOLUMES IN SITTING DROPS, AT ROOM TEMPERATURE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris1droppH9.5
31.6 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF NONIUS FR591 / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→12.3 Å / Num. obs: 24446 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.6 % / Rmerge(I) obs: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CNS

1cns


解像度: 1.8→12.3 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: ALL, EXCEPT FINAL CYCLES / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2410 9.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 24446 92.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→12.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 5 156 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.449
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.41
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.443
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 84.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.41
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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