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- PDB-1dva: Crystal Structure of the Complex Between the Peptide Exosite Inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dva
タイトルCrystal Structure of the Complex Between the Peptide Exosite Inhibitor E-76 and Coagulation Factor VIIA
要素
  • (DES-GLA FACTOR VIIA ...) x 2
  • PEPTIDE E-76
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protein-peptide complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine ...coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to cholesterol / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / blood coagulation / response to estradiol / : / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Phe-Phe-Arg Chloromethylketone / beta-lactose / Chem-0Z6 / CACODYLATE ION / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Coagulation factor VII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Peptide exosite inhibitors of factor VIIa as anticoagulants.
著者: Dennis, M.S. / Eigenbrot, C. / Skelton, N.J. / Ultsch, M.H. / Santell, L. / Dwyer, M.A. / O'Connell, M.P. / Lazarus, R.A.
履歴
登録2000年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DES-GLA FACTOR VIIA (HEAVY CHAIN)
L: DES-GLA FACTOR VIIA (LIGHT CHAIN)
X: PEPTIDE E-76
I: DES-GLA FACTOR VIIA (HEAVY CHAIN)
M: DES-GLA FACTOR VIIA (LIGHT CHAIN)
Y: PEPTIDE E-76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,04919
ポリマ－82,5926
非ポリマー2,45713
水724
1
H: DES-GLA FACTOR VIIA (HEAVY CHAIN)
L: DES-GLA FACTOR VIIA (LIGHT CHAIN)
X: PEPTIDE E-76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,68810
ポリマ－41,2963
非ポリマー1,3927
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
2
I: DES-GLA FACTOR VIIA (HEAVY CHAIN)
M: DES-GLA FACTOR VIIA (LIGHT CHAIN)
Y: PEPTIDE E-76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3619
ポリマ－41,2963
非ポリマー1,0666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.490, 55.260, 111.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
DES-GLA FACTOR VIIA ... , 2種, 4分子 HILM

#1: タンパク質 DES-GLA FACTOR VIIA (HEAVY CHAIN)


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PCMV5 / 細胞株 (発現宿主): HUMAN KIDNEY CELL LINE 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 DES-GLA FACTOR VIIA (LIGHT CHAIN)


分子量: 10994.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PCMV5 / 細胞株 (発現宿主): HUMAN KIDNEY CELL LINE 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 XY

#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDE E-76


分子量: 2198.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide E-76 was synthesized on a solid support, then cleaved and purified

-
糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#10: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#5: 化合物 ChemComp-0Z6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-phenylalaninamide / FFRCK


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 504.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H36ClN6O3 / 参照: D-Phe-Phe-Arg Chloromethylketone
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE INHIBITOR IS BOUND TO THE ACTIVE SITE OF THE ENZYME. THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE- ...THE INHIBITOR IS BOUND TO THE ACTIVE SITE OF THE ENZYME. THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PHE-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO SER 195 FORMING A HEMIKETAL AR7 AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS 57

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG4000, t-butanol, sodium cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %(w/v)PEG40001reservoir
210 %t-butanol1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 16915 / Num. obs: 16915 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2478 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL WAS APPLIED THERE IS UNPUBLISHED EXPERIMENTAL EVIDENCE THAT THE CARBOHYDRATE ATTACHED TO CHAINS L AND M DIFFERS FROM THAT DESCRIBED IN THIS ENTRY. SER 52 CARRIES 2 OR 3 ...詳細: BULK SOLVENT MODEL WAS APPLIED THERE IS UNPUBLISHED EXPERIMENTAL EVIDENCE THAT THE CARBOHYDRATE ATTACHED TO CHAINS L AND M DIFFERS FROM THAT DESCRIBED IN THIS ENTRY. SER 52 CARRIES 2 OR 3 GLUCOSE RESIDUES, AND SER 60 CARRIES ALPHA-L-FUCOSE. THE ELECTRON DENSITY IN THIS REGION IS IMPERFECT, AND WAS FIT WITHOUT THIS INFORMATION. THE FIT IS ONLY MODERATELY SUCCESFUL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 654 3.9 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.228 16915 --
obs0.228 16915 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.62 Å20 Å23.49 Å2
2---4.9 Å20 Å2
3---1.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5768 0 145 4 5917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.34
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.34
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.24
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.54
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 1 / Weight position: 200

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAIN0.380.045
220.320.042
330.420.053
440.340.033
550.380.041
661.030.055
770.950.147
881.030.062
991.230.044
10100.840.055
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 93 3.3 %
Rwork0.35 2745 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3MOD.CHOTMPTOPCHO.CHO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_CHO.LINKTOP.CAC
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.CACTOP.DPN
X-RAY DIFFRACTION5PARAM.DPNTOP.CALCIUM
X-RAY DIFFRACTION6PARAM.CALCIUMTOP.CH2
X-RAY DIFFRACTION7PARWAT.PROTOP.LINK
X-RAY DIFFRACTION8PARAM.CH2TOPWAT.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0.2 / % reflection Rfree: 3.9 % / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.34
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.24
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.34
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.54
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.361 / % reflection Rfree: 3.3 % / Rfactor Rwork: 0.35

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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