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- PDB-1duq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE REV BINDING ELEMENT OF HIV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1duq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE REV BINDING ELEMENT OF HIV-1
要素(THE REV BINDING ELEMENT) x 2
キーワードRNA / RRE / HIV-1 / REV BINDING DOMAIN
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hung, L.-W. / Holbrook, E.L. / Holbrook, S.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of the Rev binding element of HIV-1 reveals novel base pairing and conformational variability.
著者: Hung, L.W. / Holbrook, E.L. / Holbrook, S.R.
履歴
登録2000年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THE REV BINDING ELEMENT
B: THE REV BINDING ELEMENT
C: THE REV BINDING ELEMENT
D: THE REV BINDING ELEMENT
E: THE REV BINDING ELEMENT
F: THE REV BINDING ELEMENT
G: THE REV BINDING ELEMENT
H: THE REV BINDING ELEMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,76618
ポリマ－33,5368
非ポリマー23010
水1,49583
1
A: THE REV BINDING ELEMENT
B: THE REV BINDING ELEMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4073
ポリマ－8,3842
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: THE REV BINDING ELEMENT
D: THE REV BINDING ELEMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4766
ポリマ－8,3842
非ポリマー924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: THE REV BINDING ELEMENT
F: THE REV BINDING ELEMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4073
ポリマ－8,3842
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: THE REV BINDING ELEMENT
H: THE REV BINDING ELEMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4766
ポリマ－8,3842
非ポリマー924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.993, 53.930, 64.729
Angle α, β, γ (deg.)114.52, 89.88, 102.85
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖
THE REV BINDING ELEMENT


分子量: 3922.400 Da / 分子数: 4 / 断片: SHORT CHAIN / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM HIV-1. SYNTHESIZED BY OLIGOS, ETC.
#2: RNA鎖
THE REV BINDING ELEMENT


分子量: 4461.723 Da / 分子数: 4 / 断片: LONG CHAIN / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 0.2 M NACL, 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2NACL11
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 mMEDTA1drop
22 mMprotein1drop
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
40.2 M1reservoirNaCl
535 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 16703 / Num. obs: 15998 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / % possible all: 83.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→19.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 659115.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1431 10.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.221 15998 --
obs0.218 14136 84.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.11 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.52 Å20.39 Å2-0.73 Å2
2---3.54 Å22.74 Å2
3----4.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2220 10 83 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 177 10.1 %
Rwork0.301 1581 -
obs--62.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PADNA-RNA_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.57
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.385 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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