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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1duo | |||||||||
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タイトル | SPERM WHALE METAQUOMYOGLOBIN PROXIMAL HISTIDINE MUTANT H93G WITH 1-METHYLIMIDAZOLE AS PROXIMAL LIGAND. | |||||||||
![]() | SPERM WHALE METAQUOMYOGLOBIN VARIANT H93G | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Myoglobin / ligand substitution / heme protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Barrick, D. / Dahlquist, F.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Trans-substitution of the proximal hydrogen bond in myoglobin: I. Structural consequences of hydrogen bond deletion. 著者: Barrick, D. / Dahlquist, F.W. #1: ![]() タイトル: Trans-substitution of the proximal hydrogen bond in myoglobin: II. Energetics, functional consequences, and implications for hemoglobin allostery. 著者: Barrick, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17153.857 Da / 分子数: 1 / 変異: H93G / 由来タイプ: 組換発現 詳細: HEME IS BOUND TO THE PROTEIN DURING BACTERIAL EXPRESSION 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: P413B / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-1MZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 35 % PEG 8000, 0.3 M NaOAc, 0.1 M PIPES, and 0.1 % dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP Temp details: Room temperature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 9290 / Num. obs: 9290 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 2.19 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 1.36 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Num. unique all: 1522 / % possible all: 71.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→20 Å 立体化学のターゲット値: Bond length 0.02 angstroms; Bond angles 3 degrees; Trig planes 0.02, General planes 0.02; B-correlation 6.0 angstroms squared.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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