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- PDB-1du0: ENGRAILED HOMEODOMAIN Q50A VARIANT DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1du0
タイトルENGRAILED HOMEODOMAIN Q50A VARIANT DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
  • ENGRAILED HOMEODOMAIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / homeodomain / DNA-binding protein / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / axon guidance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Segmentation polarity homeobox protein engrailed
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grant, R.A. / Rould, M.A. / Klemm, J.D. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Exploring the role of glutamine 50 in the homeodomain-DNA interface: crystal structure of engrailed (Gln50 --> ala) complex at 2.0 A.
著者: Grant, R.A. / Rould, M.A. / Klemm, J.D. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Engrailed homeodomain-DNA complex at 2.2 Angstroms resolution: A detailed view of the interface and comparison with other engrailed structures
著者: Fraenkel, E. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Pabo, C.O.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Engrailed (gln50->lys) homeodomain-DNA complex at 1.9 Angstroms resolution: structural basis for enhanced affinity and altered specificity
著者: Tucker-Kellogg, L. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Ades, S.E. / Sauer, R.T.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Differential DNA-binding specificity of the engrailed homeodomain: the role of residue 50
著者: Ades, S.E. / Sauer, R.T.
#4: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: Crystal structure of an engrailed homeodomain-DNA comples at 2.8 Angstroms resolution: a framework for understanding homeodomain-DNA interactions
著者: Kissinger, C.A. / Liu, B. / Martin-Blanco, E. / Kornberg, T.B. / Pabo, C.O.
履歴
登録2000年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3')
A: ENGRAILED HOMEODOMAIN
B: ENGRAILED HOMEODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6974
ポリマ－26,6974
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.900, 45.550, 71.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.90, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6387.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 6494.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 ENGRAILED HOMEODOMAIN / HOMEOTIC PROTEIN ENGRAILED / SEGMENTATION POLARITY HOMEOBOX PROTEIN ENGRAILED


分子量: 6907.921 Da / 分子数: 2 / Mutation: GLN50ALA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02836
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: bis-Tris-propane, PEG 400, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium acetate11
2bis-Tris-propane11
3PEG 40011
4PEG 40012
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mM1drop
41 %PEG4001reservoir
50.25 Mammonium acetate1reservoir
3duplex DNA1dropdissolved in 3.5 micro litter of 3M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 128 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 23204 / Num. obs: 23204 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Num. unique all: 1697 / % possible all: 70.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 115772
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2168 10.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.237 23204 --
obs0.237 21566 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 855 0 104 1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.44
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.711.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.072
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.332.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 203 9 %
Rwork0.363 2044 -
obs--56.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLDNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.269
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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