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- PDB-1dt6: STRUCTURE OF MAMMALIAN CYTOCHROME P450 2C5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dt6
タイトルSTRUCTURE OF MAMMALIAN CYTOCHROME P450 2C5
要素CYTOCHROME P450 2C5
キーワードOXIDOREDUCTASE / membrane protein / progesterone 21-hydroxylase / benzo(a)pyrene hydroxylase / estradiol 2-hydroxylase / P450 / CYP2C5
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SAMARIUM (III) ION / Cytochrome P450 2C5
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Williams, P.A. / Cosme, J. / Sridhar, V. / Johnson, E.F. / McRee, D.E.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Mammalian microsomal cytochrome P450 monooxygenase: structural adaptations for membrane binding and functional diversity.
著者: Williams, P.A. / Cosme, J. / Sridhar, V. / Johnson, E.F. / McRee, D.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Engineering Microsomal Cytochrome P450 2C5 to be a Soluble, Monomeric Enzyme. Mutations that Alter Aggregation, Phospholipid Dependence of Catalysis and Membrane Binding
著者: Cosme, J. / Johnson, E.F.
履歴
登録2000年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 2C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9396
ポリマ－53,8841
非ポリマー1,0555
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: CYTOCHROME P450 2C5
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME P450 2C5
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME P450 2C5
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME P450 2C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,75724
ポリマ－215,5374
非ポリマー4,22020
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area12040 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area78710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.700, 132.000, 172.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

SM

詳細The biological assembly is the monomer found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 2C5 / PROGESTERONE 21-HYDROXYLASE / CYPIIC5 P450 1 / P450IIC5


分子量: 53884.250 Da / 分子数: 1
断片: CYP2C5 WITH MEMBRANE SPANNING RESIDUES 3-21 DELETED AND A 4 RESIDUE HISTIDINE TAG AT THE C-TERMINUS CONTAINING ADDITIONAL INTERNAL MUTATIONS
変異: D2A, H24S, G25S, N202H, R206E, I207L, S209G, S210T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: LIVER / プラスミド: PCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00179, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium cacodylate, 2.4mM CYMAL-5, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 24K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein1drop
22.5 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
42.4 mMCYMAL-51reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM1411.739
シンクロトロンESRF BM1420.849
シンクロトロンSSRL BL7-131.08
シンクロトロンSSRL BL9-140.97
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年4月1日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年4月1日
MARRESEARCH3IMAGE PLATE1998年3月6日
MARRESEARCH4IMAGE PLATE1998年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7391
20.8491
31.081
40.971
反射解像度: 3→25 Å / Num. all: 16332 / Num. obs: 63981 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / % possible all: 75.6
反射
*PLUS
Num. obs: 16332 / Num. measured all: 63981
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
SCALAデータスケーリング
XTALVIEW精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 3→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 809 -random 5%
Rwork0.238 ---
all0.241 16288 --
obs0.241 16288 93.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 59 0 3648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.77
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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