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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dsf | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DISULFIDE-STABILIZED FV FRAGMENT OF ANTICANCER ANTIBODY B1: CONFORMATIONAL INFLUENCE OF AN ENGINEERED DISULFIDE BOND | ||||||
要素 | (ANTICANCER ANTIBODY B1) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) / MONOCLONAL ANTIBODY (モノクローナル抗体) / ANTITUMOR | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Almog, O. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the disulfide-stabilized Fv fragment of anticancer antibody B1: conformational influence of an engineered disulfide bond. 著者: Almog, O. / Benhar, I. / Vasmatzis, G. / Tordova, M. / Lee, B. / Pastan, I. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dsf.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dsf.ent.gz | 44.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dsf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1iggS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12223.854 Da / 分子数: 1 / 断片: FV / 変異: CHAIN L, A100C, CHAIN H, R44C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: BL21 / 器官: SPLEEN / プラスミド: PB1VHR44C-STOP\ PB1VL A100C-STOP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: PIR: B41940 |
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#2: 抗体 | 分子量: 13248.775 Da / 分子数: 1 / 断片: FV / 変異: CHAIN L, A100C, CHAIN H, R44C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: BL21 / 器官: SPLEEN / プラスミド: PB1VHR44C-STOP\ PB1VL A100C-STOP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 1.6M HEPES PH-7.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→57.8 Å / Num. obs: 14289 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.2644 / % possible all: 58 |
反射 | *PLUS Num. all: 15524 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IGG 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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