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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dmm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF MUTANT ENZYMES Y57F OF KETOSTEROID ISOMERASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA BIOTYPE B | ||||||
![]() | STEROID DELTA-ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / CONESHELL / CLOSED BARREL / CURVED B-SHEET | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kim, D.H. / Jang, D.S. / Nam, G.H. / Oh, B.H. / Choi, K.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contribution of the hydrogen-bond network involving a tyrosine triad in the active site to the structure and function of a highly proficient ketosteroid isomerase from Pseudomonas putida biotype B. 著者: Kim, D.H. / Jang, D.S. / Nam, G.H. / Choi, G. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Kim, M.S. / Oh, B.H. / Choi, K.Y. #1: ![]() タイトル: High-Resolution Crystal Structures of delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase with and without a Reaction Intermediate Analogue 著者: Kim, S.W. / Cha, S.S. / Cho, H.S. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Cho, M.J. / Joo, S. / Kim, K.K. / Choi, K.Y. / Oh, B.H. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure and Enzyme Mechanism of delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas testosteroni 著者: Cho, H.S. / Choi, G. / Choi, K.Y. / Oh, B.H. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas testosteroni in Complex with Equilenin Settles the Correct Hydrogen Bonding Scheme for Transition State Stabilization 著者: Cho, H.S. / Ha, N.C. / Choi, G. / Kim, H.J. / Lee, D. / Oh, K.S. / Kim, K.S. / Lee, W. / Choi, K.Y. / Oh, B.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14532.501 Da / 分子数: 1 / 変異: Y57F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 11287 / Num. obs: 10553 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / % possible all: 88.2 |
反射 | *PLUS Observed criterion σ(F): 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20 Å2 |