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- PDB-1dkw: CRYSTAL STRUCTURE OF TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE WITH MODIFIED SUB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dkw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE WITH MODIFIED SUBSTRATE BINDING SITE
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / TIM BARREL / MODIFIED LOOP-8
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Norledge, B.V. / Lambeir, A.M. / Abagyan, R.A. / Rottman, A. / Fernandez, A.M. / Filimonov, V.V. / Peter, M.G. / Wierenga, R.K.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Modeling, mutagenesis, and structural studies on the fully conserved phosphate-binding loop (loop 8) of triosephosphate isomerase: toward a new substrate specificity.
著者: Norledge, B.V. / Lambeir, A.M. / Abagyan, R.A. / Rottmann, A. / Fernandez, A.M. / Filimonov, V.V. / Peter, M.G. / Wierenga, R.K.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: The Crystal Structure of an Engineered Monomeric Triosephosphate Isomerase, monoTIM: The Correct Modelling of an Eight-Residue Loop.
著者: Borchert, T.V. / Abagyan, R. / Radha Kishan, K.V. / Zeelen, J.P. / Wierenga, R.K.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1997
タイトル: Protein Engineering with Monomeric Triosephosphate Isomerase (monoTIM): The Modelling and Structure Verification of a Seven Residue Loop
著者: Thanki, N. / Zeelen, J.P. / Mathieu, M. / Jaenicke, R. / Abagyan, R.A. / Wierenga, R.K. / Schliebs, W.
履歴
登録1999年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7234
ポリマ－51,5752
非ポリマー1482
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.570, 88.530, 56.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量: 25787.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
生物種: Trypanosoma brucei / 株: brucei / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04789, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0 M CITRIC ACID PH 6.5, 20% PEG6000, 2.5% T-BUTANOL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Msodium citrate1reservoir
25 %tertiary butanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→22 Å / Num. all: 12311 / Num. obs: 12311 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / % possible all: 73.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. obs: 13258 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Biso Wilson estimate: 40 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 2.74 Å / % possible obs: 73.4 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 2.65→22 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 593 -RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.186 12114 --
obs0.186 12114 92.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3587 0 0 155 3742
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. reflection all: 12114 / Num. reflection obs: 12114 / σ(I): 0 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 593 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.1 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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