[日本語] English
万見
- PDB-1dki: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN FORM OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dki
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN FORM OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN B ACTIVE SITE (C47S) MUTANT
要素PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
キーワードTOXIN / ZYMOGEN / CYSTEINE PROTEASE / PAPAIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


streptopain / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-induced defense-related programmed cell death / evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase C10 family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Peptidase C10 family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kagawa, T.F. / Cooney, J.C. / Baker, H.M. / McSweeney, S. / Liu, M. / Gubba, S. / Musser, J.M. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the zymogen form of the group A Streptococcus virulence factor SpeB: an integrin-binding cysteine protease.
著者: Kagawa, T.F. / Cooney, J.C. / Baker, H.M. / McSweeney, S. / Liu, M. / Gubba, S. / Musser, J.M. / Baker, E.N.
履歴
登録1999年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
B: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
C: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
D: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,6588
ポリマ－161,2744
非ポリマー3844
水11,512639
1
A: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4152
ポリマ－40,3191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4152
ポリマ－40,3191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4152
ポリマ－40,3191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4152
ポリマ－40,3191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.664, 116.556, 144.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PYROGENIC EXOTOXIN B ZYMOGEN


分子量: 40318.527 Da / 分子数: 4 / 断片: STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN ZYMOGEN / 変異: C47S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
プラスミド: PGM5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0J0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Formic acid pH4.2, 16%PEG4000, 4%PEG8000, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114.6 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.02 %azide1drop
416 %PEG40001reservoir
50.2 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 Mformic acid1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9315
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 202725 / Num. obs: 168512 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Num. unique all: 15023 / % possible all: 48.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.6→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1827017.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood target using amplitudes.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 16726 9.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.219 202725 --
obs0.218 168400 83.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.79 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å20 Å2-1.23 Å2
2--4.65 Å20 Å2
3----2.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9903 0 20 639 10562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 1585 9.5 %
Rwork0.302 15023 -
obs--49.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る