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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dg8 | ||||||
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タイトル | DIHYDROFOLATE REDUCTASE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH | ||||||
![]() | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DIHYDROFOLATE REDUCTASE / STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN / FOLATEANALOGS / ROSSMANN FOLD / NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / TUBERCULOSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, R. / Sirawaraporn, R. / Chitnumsub, P. / Sirawaraporn, W. / Wooden, J. / Athappilly, F. / Turley, S. / Hol, W.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of M. tuberculosis dihydrofolate reductase reveals opportunities for the design of novel tuberculosis drugs. 著者: Li, R. / Sirawaraporn, R. / Chitnumsub, P. / Sirawaraporn, W. / Wooden, J. / Athappilly, F. / Turley, S. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Comparison of Two Independent Crystal Structures of Human Dihydrofolate Reductase Ternary Complexes Reduced with Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate and the Very Tight-Binding Inhibitor PT523 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Rosowsky, A. / Blakely, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17660.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A546, UniProt: P9WNX1*PLUS, dihydrofolate reductase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, NADPH, POTASSIUM PHOSPHATE, DTT, POTASSIUM CHLORIDE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0188 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14339 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.178 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |