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- PDB-6cxm: Crystal structure of a dihydrofolate reductase from Mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxm
タイトルCrystal structure of a dihydrofolate reductase from Mycobacterium smegmatis in complex with NADP and P218
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Disease / structural genomics / Mycobacterium tuberculosis / Mtb / inhibitor / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MMV / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a dihydrofolate reductase from Mycobacterium smegmatis in complex with NADP and P218
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2018年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1536
ポリマ－36,9462
非ポリマー2,2084
水86548
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5773
ポリマ－18,4731
非ポリマー1,1042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5773
ポリマ－18,4731
非ポリマー1,1042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.250, 40.300, 67.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 74 or (resid 75...
21(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALA(chain A and (resid 2 through 74 or (resid 75...AA2 - 7410 - 82
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 74 or (resid 75...AA7583
13SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 74 or (resid 75...AA2 - 15610 - 164
14SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 74 or (resid 75...AA2 - 15610 - 164
15SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 74 or (resid 75...AA2 - 15610 - 164
21SERSERLYSLYS(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 3310 - 41
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB3442
23SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 15610 - 164
24SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 15610 - 164
25SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 33 or (resid 34...BB2 - 15610 - 164

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18472.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: folA, MSMEI_2607 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FC10, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MMV / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanoic acid / P-218


分子量: 360.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: MysmA.01062.a.B1.PS38260 at 8.81 mg/mL with 3 mM NADP and 3 mM P218 against MCSG1 screen condition G6 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% ethylene glycol as cryo- ...詳細: MysmA.01062.a.B1.PS38260 at 8.81 mg/mL with 3 mM NADP and 3 mM P218 against MCSG1 screen condition G6 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 292198g6, unique puck ID vsf3-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→33.965 Å / Num. obs: 9854 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.995 % / Biso Wilson estimate: 43.42 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.723.1320.5532.537420.8360.6799.7
2.72-2.793.1110.5062.817030.8670.61598.7
2.79-2.873.1110.423.317050.8930.50899.7
2.87-2.963.0780.3333.946570.8980.40498.9
2.96-3.063.0670.2654.946560.9560.32398.8
3.06-3.173.0450.1986.166240.970.24197.3
3.17-3.292.9720.1577.086040.980.19298.1
3.29-3.423.0140.148.315800.9810.1797.3
3.42-3.572.9640.1129.485600.9880.13797.7
3.57-3.752.9720.09111.235430.9880.11197.3
3.75-3.952.910.07512.524910.9950.09295.5
3.95-4.192.8740.06214.544670.9940.07696.3
4.19-4.482.9290.05515.314510.9940.06795.3
4.48-4.842.8960.04817.334120.9950.05896.7
4.84-5.32.8990.05715.543950.9950.0796.8
5.3-5.932.9360.05615.963460.990.0796.9
5.93-6.842.9090.05215.883190.9930.06495.2
6.84-8.382.8910.05118.392660.9930.06396.7
8.38-11.852.7810.04221.12100.9930.05396.8
11.85-33.9652.6830.04920.771230.9950.06189.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1df7

1df7


解像度: 2.65→33.965 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 903 9.18 %
Rwork0.1974 --
obs0.2028 9837 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.52 Å2 / Biso mean: 47.3103 Å2 / Biso min: 17.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→33.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 148 48 2567
Biso mean--48.65 39.43 -
残基数----310
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1114X-RAY DIFFRACTION6.752TORSIONAL
12B1114X-RAY DIFFRACTION6.752TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6499-2.81590.34261470.29741491163899
2.8159-3.03320.3311390.25811509164899
3.0332-3.33820.29791300.23051504163498
3.3382-3.82060.2611520.21271459161197
3.8206-4.81140.21591730.15891454162796
4.8114-33.96780.22611620.15811517167996
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0355-0.48770.34662.6827-0.03351.8128-0.2576-0.30550.20580.55590.1582-0.0332-0.19990.14890.06760.40370.0620.00990.3751-0.09920.42828.8081-2.297517.7996
21.5736-0.10222.17843.59390.83137.0495-0.5151-1.1789-0.36020.57750.0969-0.04220.4671-0.28110.58430.50610.03680.07410.61140.02260.39428.3848-9.872425.9869
31.42220.41140.16343.5599-2.73475.6824-0.0598-0.43170.04390.00040.0351-0.07060.13460.6301-0.16030.2788-0.01760.07520.323-0.06720.327233.5426-10.77819.7155
43.9214-2.21461.44185.906-3.87583.05610.0125-0.0499-0.24920.4964-0.00180.3794-0.38610.250.00960.2799-00.01490.3344-0.0370.339523.2452-13.55293.5517
53.0947-0.33290.34591.39090.23773.5403-0.1376-0.4160.27620.16160.0547-0.3088-0.31560.04590.13560.28470.065-0.08530.3351-0.0640.514854.9442-14.488114.2869
60.62150.76781.83130.95872.31285.6429-0.1986-0.5817-0.01250.8434-0.1922-0.4480.05750.43460.18630.60510.0054-0.18520.8593-0.11480.869960.2949-12.987531.3004
74.34560.83022.32274.21511.44566.4982-0.2024-0.8147-0.24140.8778-0.3241-0.0680.7925-0.03250.00830.52730.0978-0.03420.56850.00920.419352.7832-21.78724.0833
82.47160.7254-0.21781.6429-0.35631.6516-0.1681-0.33410.00460.06780.1082-0.08670.0054-0.02140.07380.25740.0511-0.04370.3278-0.00830.512158.255-23.59145.4503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 77 )A2 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 94 )A78 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 128 )A95 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 156 )A129 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 66 )B2 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 77 )B67 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 78 through 94 )B78 - 94
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 95 through 156 )B95 - 156

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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