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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dek | ||||||
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タイトル | DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DEOXY-GMP | ||||||
要素 | DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (deoxy)nucleoside-phosphate kinase / (deoxy)nucleoside-phosphate kinase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Sebastiao, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of bacteriophage T4 deoxynucleotide kinase with its substrates dGMP and ATP. 著者: Teplyakov, A. / Sebastiao, P. / Obmolova, G. / Perrakis, A. / Brush, G.S. / Bessman, M.J. / Wilson, K.S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Bacteriophage T4 Deoxynucleotide Kinase 著者: Sebastiao, P. / Obmolova, G. / Brush, G.S. / Bessman, M.J. / Teplyakov, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dek.cif.gz | 113.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dek.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dek.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dek_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dek_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dek_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dek_validation.cif.gz | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1dek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1dek | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.98924, -0.12704, 0.0726), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27407.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 1 / プラスミド: PBK5 / 遺伝子 (発現宿主): 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04531, (deoxy)nucleoside-phosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月30日 / 詳細: ELLIPTICAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 42100 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 202204 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 3 / Rfactor all: 0.187 / Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |