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万見
- PDB-1dek: DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DEOXY-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dek
タイトルDEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DEOXY-GMP
要素DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleoside phosphate kinase activity, ATP as phosphate donor / dGMP kinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / dTMP kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Recoverin; domain 1 - #70 / Deoxynucleotide monophosphate kinase, N-terminal / : / Deoxynucleotide monophosphate kinase / Recoverin; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Recoverin; domain 1 - #70 / Deoxynucleotide monophosphate kinase, N-terminal / : / Deoxynucleotide monophosphate kinase / Recoverin; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Deoxynucleotide monophosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Sebastiao, P.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of bacteriophage T4 deoxynucleotide kinase with its substrates dGMP and ATP.
著者: Teplyakov, A. / Sebastiao, P. / Obmolova, G. / Perrakis, A. / Brush, G.S. / Bessman, M.J. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Bacteriophage T4 Deoxynucleotide Kinase
著者: Sebastiao, P. / Obmolova, G. / Brush, G.S. / Bessman, M.J. / Teplyakov, A.
履歴
登録1996年1月9日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE
B: DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5576
ポリマ－54,8142
非ポリマー7434
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.200, 58.500, 75.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98924, -0.12704, 0.0726), (-0.12192, 0.44125, -0.88906), (0.08091, -0.88835, -0.45199)
ベクター: 131.01459, 28.26046, 26.00653)

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要素

#1: タンパク質 DEOXYNUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE


分子量: 27407.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 1 / プラスミド: PBK5 / 遺伝子 (発現宿主): 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04531, EC: 2.7.4.13
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
37 mMDTT1drop
45 mMdGMP1drop
511-14 %(v/v)PEG40001reservoir
6200 mMmagnesium acetate1reservoir
77 mMDTT1reservoir
82 %dioxane1reservoir
9100 mMcacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.87
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月30日 / 詳細: ELLIPTICAL MIRROR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 42100 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 202204

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.187 --
obs-41793 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 48 287 4107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.14
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it6.27
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it7.68
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it10.79
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1480.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1290.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1980.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.53
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / Rfactor all: 0.187 / Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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