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- PDB-1ddw: HOMER EVH1 DOMAIN UNLIGANDED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddw
タイトルHOMER EVH1 DOMAIN UNLIGANDED
要素GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER
キーワードSIGNALING PROTEIN / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / regulation of calcium ion import / protein localization to synapse / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / neuron spine / costamere ...G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / regulation of calcium ion import / protein localization to synapse / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / neuron spine / costamere / positive regulation of calcium ion transport / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / postsynaptic cytosol / behavioral response to cocaine / skeletal muscle contraction / skeletal muscle fiber development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to cocaine / dendritic shaft / protein tetramerization / response to nicotine / Z disc / response to calcium ion / circadian rhythm / apical part of cell / scaffold protein binding / postsynapse / transmembrane transporter binding / dendritic spine / molecular adaptor activity / postsynaptic density / neuron projection / axon / signaling receptor binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homer protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Beneken, J. / Tu, J.C. / Xiao, B. / Worley, P.F. / Leahy, D.J.
引用
ジャーナル: Neuron / 年: 2000
タイトル: Structure of the Homer EVH1 domain-peptide complex reveals a new twist in polyproline recognition.
著者: Beneken, J. / Tu, J.C. / Xiao, B. / Nuriya, M. / Yuan, J.P. / Worley, P.F. / Leahy, D.J.
#1: ジャーナル: Neuron / 年: 1998
タイトル: Homer binds a novel proline-rich motif and links group 1 metabotropic glutamate receptors with IP3 receptors
著者: Tu, J.C. / Xiao, B. / Yuan, J.P. / Lanahan, A.A. / Worley, P.F. / Leoffert, K. / Li, M. / Linden, D.J.
履歴
登録1999年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8271
ポリマ－13,8271
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.94, 49.94, 80.91
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER


分子量: 13827.220 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMER EVH1 DOMAIN RESIDUES 1-120 / 変異: NONE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: Q9Z214
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 3350, Magnesium sulfate, Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlprotein1drop
230 %PEG33501reservoir
387 mM1reservoirMgSO4
450 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
3931
4931
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X4A10.9879
シンクロトロンNSLS X4A20.9793
シンクロトロンNSLS X4A30.979
シンクロトロンNSLS X4A40.9611
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1998年10月30日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE1998年10月30日
RIGAKU RAXIS IV3IMAGE PLATE1998年10月30日
RIGAKU RAXIS IV4IMAGE PLATE1998年10月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98791
20.97931
30.9791
40.96111
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 13342 / Num. obs: 12725 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 2.34 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / % possible all: 77
反射
*PLUS
Num. obs: 24051 / % possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 1313 RANDOM
Rwork0.245 --
obs0.245 12725 -
all-13357 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数896 0 0 88 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0126
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.745
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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