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万見
- PDB-1ddp: Solution structure of a CISPLATIN-INDUCED [CATAGCTATG]2 Interstra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddp
タイトルSolution structure of a CISPLATIN-INDUCED [CATAGCTATG]2 Interstrand cross-link
要素DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*G)-3')
キーワードDNA / DOUBLE HELIX / ANTITUMOR DRUG / CIS-DDP / INTERSTRAND CROSS-LINK
機能・相同性Cisplatin / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR
データ登録者Zhu, L. / Huang, H. / Reid, B.R. / Drobny, G.P. / Hopkins, P.B.
引用ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Solution structure of a cisplatin-induced DNA interstrand cross-link.
著者: Huang, H. / Zhu, L. / Reid, B.R. / Drobny, G.P. / Hopkins, P.B.
履歴
登録1995年10月26日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3883
ポリマ－6,0882
非ポリマー3001
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3044.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: BECAUSE THE BOND LENGTH BETWEEN PT AND N7 IN THE CISPLATIN CROSS-LINK IS LONGER THAN 2.00 ANGSTROMS, THE PT-N7 BONDS MIGHT NOT APPEAR WHEN A PROGRAM READS THIS ENTRY.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software名称: Discover / 開発者: BIOSYM TECHNOLOGIES / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: FINAL RMS COORD. SHIFT 0.55 ANGSTROMS NUMBER OF ATOMS USED IN REFINEMENT. NUMBER OF PROTEIN ATOMS 0 NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS 643 NUMBER OF HETEROGEN ATOMS 0 NUMBER OF SOLVENT ATOMS 0 AMBER FORCE FIELDS USED
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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