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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ddm | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF THE NUMB PTB DOMAIN COMPLEXED TO A NAK PEPTIDE | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / COMPLEX / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOSPHOTYROSINE BINDING DOMAIN (PTB) / ASYMMETRIC CELL DIVISION / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() pericardial nephrocyte differentiation / enteroendocrine cell differentiation / Malpighian tubule tip cell differentiation / regulation of nervous system development / sensory organ precursor cell fate determination / sensory organ precursor cell division / neuroblast development / muscle cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / regulation of neuroblast proliferation ...pericardial nephrocyte differentiation / enteroendocrine cell differentiation / Malpighian tubule tip cell differentiation / regulation of nervous system development / sensory organ precursor cell fate determination / sensory organ precursor cell division / neuroblast development / muscle cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of receptor recycling / glial cell migration / asymmetric neuroblast division / basal part of cell / embryonic heart tube development / Notch binding / centrosome localization / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of endocytosis / regulation of neurogenesis / neuroblast proliferation / protein localization / cell cortex / negative regulation of gene expression / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS USING ARIA PROTOCOLS FOR AMBIGUOUS RESTRAINTS | ||||||
![]() | Zwahlen, C. / Li, S.C. / Kay, L.E. / Pawson, T. / Forman-Kay, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Multiple modes of peptide recognition by the PTB domain of the cell fate determinant Numb. 著者: Zwahlen, C. / Li, S.C. / Kay, L.E. / Pawson, T. / Forman-Kay, J.D. #1: ![]() タイトル: Structure of a Numb PTB Domain-Peptide Complex Suggests a Basis for Diverse Binding Specificity 著者: Li, S.C. / Zwahlen, C. / Vincent, S.J. / McGlade, C.J. / Kay, L.E. / Pawson, T. / Forman-Kay, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 882.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 734.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 622.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15277.424 Da / 分子数: 1 / 断片: PHOSPHOTYROSINE BINDING DOMAIN (PTB) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CELL FATE DETERMINANT PROTEIN 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PGEX4T2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1277.359 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL NAK 1437-1447 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: EC: 2.7.1.37 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 50mM / pH: 6.00 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K | ||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: TORSION ANGLE DYNAMICS USING ARIA PROTOCOLS FOR AMBIGUOUS RESTRAINTS ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2088 NOE, 50 DISTANCE RETRAINTS FORM HYDROGEN BONDS, 94 CHEMICAL SHIFT-DERIVED DIHEDRAL RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |