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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d6y | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI COPPER-CONTAINING AMINE OXIDASE ANAEROBICALLY REDUCED WITH BETA-PHENYLETHYLAMINE AND COMPLEXED WITH NITRIC OXIDE. | ||||||
![]() | COPPER AMINE OXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / REACTION INTERMEDIATE MIMIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylethylamine catabolic process / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / L-phenylalanine catabolic process / amine metabolic process / quinone binding / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilmot, C.M. / Hajdu, J. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F. / Phillips, S.E.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualization of dioxygen bound to copper during enzyme catalysis. 著者: Wilmot, C.M. / Hajdu, J. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F. / Phillips, S.E. #1: ![]() タイトル: The Active Site Base Controls Cofactor Reactivity in Escherichia coli Amine Oxidase: X-ray Crystallographic Studies with Mutational Variants. 著者: Murray, J.M. / Saysell, C.G. / Wilmot, C.M. / Tambyrajah, W.S. / Jaeger, J. / Knowles, P.F. / Phillips, S.E. / McPherson, M.J. #2: ![]() タイトル: Catalytic Mechanism of the Quinoenzyme Amine Oxidase from Escherichia coli: Exploring the Reductive Half-Reaction. 著者: Wilmot, C.M. / Murray, J.M. / Alton, G. / Parsons, M.R. / Convery, M.A. / Blakeley, V. / Corner, A.S. / Palcic, M.M. / Knowles, P.F. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Quinoenzyme: Copper Amine Oxidase of Escherichia coli at 2 Angstroms Resolution. 著者: Parsons, M.R. / Convery, M.A. / Wilmot, C.M. / Yadav, K.D.S. / Blakeley, V. / Corner, A.S. / Phillips, S.E. / McPherson, M.J. / Knowles, P.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 261 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 489.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 527.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 71 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 81367.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 1440分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HY1.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/PEA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HY1.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/PEA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEA / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: sodium citrate, HEPES buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 65769 / Num. obs: 191118 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / % possible all: 92.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 65769 / Num. measured all: 191118 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |