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- PDB-1d4m: THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d4m
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION
要素(PROTEIN (COXSACKIEVIRUS ...) x 4
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS STRUCTURE / RGD / UNCOATING / VIRUS-RECEPTOR INTERACTION / WIN COMPOUND / VIRUS/VIRAL PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Chem-W71 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hendry, E. / Hatanaka, H. / Fry, E. / Smyth, M. / Tate, J. / Stanway, G. / Santti, J. / Maaronen, M. / Hyypia, T. / Stuart, D.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of coxsackievirus A9: new insights into the uncoating mechanisms of enteroviruses.
著者: Hendry, E. / Hatanaka, H. / Fry, E. / Smyth, M. / Tate, J. / Stanway, G. / Santti, J. / Maaronen, M. / Hyypia, T. / Stuart, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of Coxsackievirus A9
著者: Smyth, M. / Hall, J. / Fry, E. / Stuart, D. / Stanway, G. / Hyypia, T.
履歴
登録1999年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_oper_list ...database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
2: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
3: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
4: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3557
ポリマ－96,4424
非ポリマー9133
水8,071448
1
1: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
2: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
3: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
4: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,841,293420
ポリマ－5,786,499240
非ポリマー54,794180
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
2: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
3: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
4: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 487 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,77435
ポリマ－482,20820
非ポリマー4,56615
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
2: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
3: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
4: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 584 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)584,12942
ポリマ－578,65024
非ポリマー5,47918
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
2: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
3: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
4: PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.92 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,920,647210
ポリマ－2,893,249120
非ポリマー27,39790
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)487.300, 358.100, 305.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.33011347, -0.93642557, -0.11887911), (0.93642557, 0.30901699, 0.16617954), (-0.11887911, -0.16617954, 0.97890353)
3generate(-0.75378571, -0.57874283, -0.31122955), (0.57874283, -0.80901699, 0.10270461), (-0.31122955, -0.10270461, 0.94476872)
4generate(-0.75378571, 0.57874283, -0.31122955), (-0.57874283, -0.80901699, -0.10270461), (-0.31122955, 0.10270461, 0.94476872)
5generate(0.33011347, 0.93642557, -0.11887911), (-0.93642557, 0.30901699, -0.16617954), (-0.11887911, 0.16617954, 0.97890353)
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17generate(-0.11214504, -0.99369185), (-1), (-0.99369185, 0.11214504)
18generate(0.08110861, 0.27014675, -0.95939675), (-0.93642557, -0.30901699, -0.16617954), (-0.34136276, 0.91188225, 0.22790838)
19generate(0.3937996, 0.16695987, -0.90390612), (-0.57874283, 0.80901699, -0.10270461), (0.71412787, 0.56357422, 0.4152174)
20generate(0.3937996, -0.16695987, -0.90390612), (0.57874283, 0.80901699, 0.10270461), (0.71412787, -0.56357422, 0.4152174)
21generate(0.49684592, -0.66627883, -0.55607252), (-0.7457027, -0.66627883), (0.44392748, 0.7457027, -0.49684592)
22generate(-0.3937996, -0.57874283, -0.71412787), (-0.16695987, 0.80901699, -0.56357422), (0.90390612, -0.10270461, -0.4152174)
23generate(-0.58705326, 0.30859609, -0.74842296), (0.7694657, 0.5, -0.39739468), (0.25157704, -0.80917764, -0.53098073)
24generate(0.18415494, 0.7694657, -0.61156315), (0.7694657, -0.5, -0.39739468), (-0.61156315, -0.39739468, -0.68415494)
25generate(0.85404147, 0.16695987, -0.49268404), (-0.16695987, -0.80901699, -0.56357422), (-0.49268404, 0.56357422, -0.66305847)
26generate(-0.18415494, 0.7694657, 0.61156315), (-0.7694657, -0.5, 0.39739468), (0.61156315, -0.39739468, 0.68415494)
27generate(0.58705326, 0.30859609, 0.74842296), (-0.7694657, 0.5, 0.39739468), (-0.25157704, -0.80917764, 0.53098073)
28generate(0.3937996, -0.57874283, 0.71412787), (0.16695987, 0.80901699, 0.56357422), (-0.90390612, -0.10270461, 0.4152174)
29generate(-0.49684592, -0.66627883, 0.55607252), (0.7457027, 0.66627883), (-0.44392748, 0.7457027, 0.49684592)
30generate(-0.85404147, 0.16695987, 0.49268404), (0.16695987, -0.80901699, 0.56357422), (0.49268404, 0.56357422, 0.66305847)

-
要素

-
PROTEIN (COXSACKIEVIRUS ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)


分子量: 33869.020 Da / 分子数: 1 / 断片: VP1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 参照: UniProt: P21404
#2: タンパク質 PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)


分子量: 28885.518 Da / 分子数: 1 / 断片: VP2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 参照: UniProt: P21404
#3: タンパク質 PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)


分子量: 26335.072 Da / 分子数: 1 / 断片: VP3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 参照: UniProt: P21404
#4: タンパク質 PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)


分子量: 7352.039 Da / 分子数: 1 / 断片: VP4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 参照: UniProt: P21404

-
非ポリマー , 3種, 451分子

#5: 化合物 ChemComp-W71 / 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE / COMPOUND IV / ジソキサリル


分子量: 342.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N2O3
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

-
試料調製

結晶化PH範囲: 7.6 7.6; 7.6; 7.6
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: microdialysis / 詳細: Smyth, M., (1993) J.Mol.Biol., 230, 667.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMsodium dihydrogen phosphate11
318-26 %(v/v)satammonium sulfate12
2sodium azide11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12901
22901
32901
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSRS PX9.610.87
シンクロトロンSRS PX7.221.488
シンクロトロンSRS PX9.630.87
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1996年6月1日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1996年5月1日
MARRESEARCH3IMAGE PLATE1995年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
21.4881
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 290000 / % possible obs: 41 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / % possible all: 32
反射
*PLUS
Num. measured all: 697000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.169 --
obs0.169 290000 41 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6540 0 65 448 7053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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