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万見
- PDB-1d2z: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE DEATH DOMAIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d2z
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE DEATH DOMAINS OF PELLE AND TUBE
要素
  • DEATH DOMAIN OF PELLE
  • DEATH DOMAIN OF TUBE
キーワードAPOPTOSIS / SIX-HELIX BUNDLE / LINEAR ARRAY OF DEATH DOMAINS / PLASTIC INTERFACES
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of dorsal/ventral asymmetry / hemocyte proliferation / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' / Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / DL and DIF homodimers bind to TUB and phosphorylated PLL in the TL receptor 'signalling complex' / DL and DIF homodimers complexed with CACT are all phosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Activated PLL kinase is autophosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Phosphorylated CACT, DL and DIF homodimers dissociate from the TL receptor 'signalling complex' / PLL kinase binds to TUB in the TL receptor 'signalling complex' / positive regulation of antifungal peptide production ...determination of dorsal/ventral asymmetry / hemocyte proliferation / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' / Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / DL and DIF homodimers bind to TUB and phosphorylated PLL in the TL receptor 'signalling complex' / DL and DIF homodimers complexed with CACT are all phosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Activated PLL kinase is autophosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Phosphorylated CACT, DL and DIF homodimers dissociate from the TL receptor 'signalling complex' / PLL kinase binds to TUB in the TL receptor 'signalling complex' / positive regulation of antifungal peptide production / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Interleukin-1 signaling / zygotic specification of dorsal/ventral axis / larval somatic muscle development / antifungal innate immune response / positive regulation of hippo signaling / response to fungus / Toll signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein tyrosine kinase binding / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tube, Death domain / Tube Death domain / Pelle, death domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain ...Tube, Death domain / Tube Death domain / Pelle, death domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Tube / Serine/threonine-protein kinase pelle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Xiao, T. / Towb, P. / Wasserman, S.A. / Sprang, S.R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structure of a complex between the death domains of Pelle and Tube.
著者: Xiao, T. / Towb, P. / Wasserman, S.A. / Sprang, S.R.
履歴
登録1999年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEATH DOMAIN OF PELLE
B: DEATH DOMAIN OF TUBE
C: DEATH DOMAIN OF PELLE
D: DEATH DOMAIN OF TUBE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3005
ポリマ－59,0624
非ポリマー2381
水4,792266
1
A: DEATH DOMAIN OF PELLE
B: DEATH DOMAIN OF TUBE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5312
ポリマ－29,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
2
C: DEATH DOMAIN OF PELLE
D: DEATH DOMAIN OF TUBE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7693
ポリマ－29,5312
非ポリマー2381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.123, 87.495, 117.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DEATH DOMAIN OF PELLE


分子量: 12446.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
キーワード: THE FIRST FOUR RESIDUES OBSERVED IN THE STRUCTURE ORIGINATE FROM CLONING ARTEFACT.
参照: UniProt: Q05652
#2: タンパク質 DEATH DOMAIN OF TUBE


分子量: 17084.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22812
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-25% PEG 2000 monomethyl ether, 100 mM Hepes pH 7.2-8.4 0-200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120-25 %mPEG20001reservoir
2100 mMNa+-HEPES1reservoir
3200 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.981
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 41269 / Num. obs: 40020 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Num. unique all: 1998 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
% possible obs: 98.9 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood target
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 3946 9.6 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.22 41220 --
obs0.22 39471 95.6 %-
溶媒の処理Bsol: 32.426 Å2 / ksol: 0.33331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.61 Å20 Å20 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----10.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4105 0 15 266 4386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.067
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.612.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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