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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d2f | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF MALY FROM ESCHERICHIA COLI: A PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-DEPENDENT ENZYME ACTING AS A MODULATOR IN MAL GENE EXPRESSION | ||||||
![]() | MALY PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE FOLD / LARGE PLP-BINDING DOMAIN / SMALL C-TERMINAL DOMAIN / OPEN ALPHA-BETA STRUCTURE. | ||||||
機能・相同性 | ![]() cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / cysteine-S-conjugate beta-lyase / : / L-cysteine desulfhydrase activity / methionine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Clausen, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of MalY from Escherichia coli: a pyridoxal 5'-phosphate-dependent enzyme acting as a modulator in mal gene expression. 著者: Clausen, T. / Schlegel, A. / Peist, R. / Schneider, E. / Steegborn, C. / Chang, Y.S. / Haase, A. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Boos, W. #1: ![]() タイトル: Maly of Escherichia-Coli Is an Enzyme With the Activity of a Beta-C-S Lyase (Cystathionase). 著者: Zdych, E. / Peist, R. / Reidl, J. / Boos, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43684.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: AMMONIUM SULPHATE, MES, TRIS, DITHITHREITOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 41 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 94388 / Num. obs: 24839 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / % possible all: 88.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 94388 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: ENERGY RESTRAINED CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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