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- PDB-1d2f: X-RAY STRUCTURE OF MALY FROM ESCHERICHIA COLI: A PYRIDOXAL-5'-PHO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d2f
タイトルX-RAY STRUCTURE OF MALY FROM ESCHERICHIA COLI: A PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-DEPENDENT ENZYME ACTING AS A MODULATOR IN MAL GENE EXPRESSION
要素MALY PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE FOLD / LARGE PLP-BINDING DOMAIN / SMALL C-TERMINAL DOMAIN / OPEN ALPHA-BETA STRUCTURE.
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / cysteine-S-conjugate beta-lyase / L-cysteine desulfhydrase activity / methionine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Protein MalY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Clausen, T.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: X-ray structure of MalY from Escherichia coli: a pyridoxal 5'-phosphate-dependent enzyme acting as a modulator in mal gene expression.
著者: Clausen, T. / Schlegel, A. / Peist, R. / Schneider, E. / Steegborn, C. / Chang, Y.S. / Haase, A. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Boos, W.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1995
タイトル: Maly of Escherichia-Coli Is an Enzyme With the Activity of a Beta-C-S Lyase (Cystathionase).
著者: Zdych, E. / Peist, R. / Reidl, J. / Boos, W.
履歴
登録1999年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALY PROTEIN
B: MALY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8644
ポリマ－87,3692
非ポリマー4942
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.510, 107.190, 256.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MALY PROTEIN


分子量: 43684.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PJR115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23256
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: AMMONIUM SULPHATE, MES, TRIS, DITHITHREITOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
23 mMdithiothreitol1drop
310 mMTris-HCl1drop
40.020 mMPLP1drop
5100 mMMES/Tris1reservoir
61.8 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 94388 / Num. obs: 24839 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 94388
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: ENERGY RESTRAINED CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1242 -RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.204 94388 --
obs0.204 24839 94.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5717 0 30 167 5914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d2.7
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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