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- PDB-1d1z: CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP
要素SAP SH2 DOMAIN
キーワードGENE REGULATION / SH2 DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity / humoral immune response / regulation of immune response / cellular defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / protein-macromolecule adaptor activity ...positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity / humoral immune response / regulation of immune response / cellular defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / protein-macromolecule adaptor activity / adaptive immune response / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH2 protein 1A / SH2D1A, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH2 domain-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Poy, F. / Yaffe, M.B. / Sayos, J. / Saxena, K. / Eck, M.J.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of the XLP protein SAP reveal a class of SH2 domains with extended, phosphotyrosine-independent sequence recognition.
著者: Poy, F. / Yaffe, M.B. / Sayos, J. / Saxena, K. / Morra, M. / Sumegi, J. / Cantley, L.C. / Terhorst, C. / Eck, M.J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: The X-linked lymphoproliferative-disease gene product SAP regulates signals induced through the co-receptor SLAM
著者: Sayos, J. / Wu, C. / Morra, M. / Wang, N. / Terhorst, C.
履歴
登録1999年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAP SH2 DOMAIN
B: SAP SH2 DOMAIN
C: SAP SH2 DOMAIN
D: SAP SH2 DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,48211
ポリマ－46,8104
非ポリマー6727
水11,313628
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: SAP SH2 DOMAIN
ヘテロ分子

C: SAP SH2 DOMAIN
ヘテロ分子

B: SAP SH2 DOMAIN
D: SAP SH2 DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,48211
ポリマ－46,8104
非ポリマー6727
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
crystal symmetry operation1_664x+1,y+1,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.480, 62.270, 65.090
Angle α, β, γ (deg.)65.71, 78.67, 89.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
SAP SH2 DOMAIN


分子量: 11702.393 Da / 分子数: 4 / 断片: SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60880
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.64 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.6, AND 10 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
3150 mM1dropNaCl
410 mMdithiothreitol1drop
51.64 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMsodium citrate1reservoir
710 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→22 Å / Num. obs: 83110 / % possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射
*PLUS
Num. measured all: 274082

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.187 -RANDOM
Rwork0.139 --
all0.147 78862 -
obs0.139 78862 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3160 0 35 628 3823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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