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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d17 | ||||||||||||||||||
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タイトル | DNA-NOGALAMYCIN INTERACTIONS | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | NOGALAMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Egli, M. / Williams, L.D. / Frederick, C.A. / Rich, A. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: DNA-nogalamycin interactions. 著者: Egli, M. / Williams, L.D. / Frederick, C.A. / Rich, A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990 タイトル: Structure of Nogalamycin Bound to a DNA Hexamer 著者: Williams, L.D. / Egli, M. / Gao, Q. / Bash, P. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Frederick, C.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d17.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d17.ent.gz | 9.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d17_validation.pdf.gz | 414.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d17_full_validation.pdf.gz | 418.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d17_validation.xml.gz | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d17_validation.cif.gz | 3.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d17 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1837.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NGM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Williams, L.D., (1990) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 87, 2225. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 809 / Rfactor obs: 0.206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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