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万見
- PDB-1czi: CHYMOSIN COMPLEX WITH THE INHIBITOR CP-113972 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1czi
タイトルCHYMOSIN COMPLEX WITH THE INHIBITOR CP-113972
要素
  • CHYMOSIN
  • CP-113972 (NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / ASPARTYL PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chymosin / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE / Chymosin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Groves, M.R. / Dhanaraj, V. / Pitts, J.E. / Badasso, M. / Hoover, D. / Nugent, P. / Blundell, T.L.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1998
タイトル: A 2.3 A resolution structure of chymosin complexed with a reduced bond inhibitor shows that the active site beta-hairpin flap is rearranged when compared with the native crystal structure.
著者: Groves, M.R. / Dhanaraj, V. / Badasso, M. / Nugent, P. / Pitts, J.E. / Hoover, D.J. / Blundell, T.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: X-Ray Analyses of Aspartic Proteinases. Iv. Structure and Refinement at 2.2 A Resolution of Bovine Chymosin
著者: Newman, M. / Safro, M. / Frazao, C. / Khan, G. / Zdanov, A. / Tickle, I.J. / Blundell, T.L. / Andreeva, N.
履歴
登録1997年1月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年8月9日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: CHYMOSIN
P: CP-113972 (NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4032
ポリマ－36,4032
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.780, 132.780, 81.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CHYMOSIN / RENIN


分子量: 35672.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 解説: CALF / Cell: FUNDUS / 器官: STOMACH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00794, chymosin
#2: タンパク質・ペプチド CP-113972 (NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE) / PFIZER INHIBITOR


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 730.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: NORSTATINE-S-METHYL CYSTEINE-IODO-PHENYLALANINE-PROLINE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.56 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1reservoir
31.5 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→21.1 Å / Num. obs: 62777 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
Num. obs: 12125 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 62777 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
AGROVATA/ROTAVATA(CCP4 VERSION 2.X)データ削減
AMoRE位相決定
RESTRAIN精密化
CCP4V 2.X (AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CMS WITHOUT LOOP 71 - 81

4cms


解像度: 2.3→9.97 Å / σ(F): 0
詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE ATOM AND HETATM RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE ...詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE ATOM AND HETATM RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION - B = 8 * (PI)**2 * U**2. DENSITY FOR REGIONS E 156 - E 162 AND E 290 - E 292 IS POOR, AS INDICATED BY HIGHER TEMPERATURE FACTORS FOR THESE REGIONS. THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES E 240 - E 244 IS NOT CONVINCING. AS A RESULT THIS REGION IS NOT PRECISELY DETERMINED. THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION - B = 8 * (PI)**2 * U**2. DENSITY FOR REGIONS E 156 - E 162 AND E 290 - E 292 IS POOR, AS INDICATED BY HIGHER TEMPERATURE FACTORS FOR THESE REGIONS. THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES E 240 - E 244 IS NOT CONVINCING. AS A RESULT THIS REGION IS NOT PRECISELY DETERMINED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1954 --
obs-12125 98 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→9.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2554 0 0 191 2745
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 11988 / σ(F): 1 / Rfactor all: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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