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万見
- PDB-1ctn: CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL CHITINASE AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ctn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL CHITINASE AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CHITINASE A
キーワードLYASE (OXO-ACID)
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Perrakis, A. / Tews, I. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a bacterial chitinase at 2.3 A resolution.
著者: Perrakis, A. / Tews, I. / Dauter, Z. / Oppenheim, A.B. / Chet, I. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E.
#1: ジャーナル: CHITIN ENZYMOL. / 年: 1993
タイトル: Purification and Characterization of the Recombinant Chtin Degrading Enzymes Chitinase a and Chitobiase from Serratia Marcescens
著者: Vorgias, C.E. / Tews, I. / Perrakis, A. / Oppenheim, A.B. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1986
タイトル: Isolation and Characterization of Genes Encoding Two Chitinase Enzymes from Serratia Marcescens
著者: Jones, J.D.G. / Grady, K.L. / Suslow, T.V. / Bedbrook, J.R.
履歴
登録1994年10月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6701
ポリマ－58,6701
非ポリマー00
水5,981332
1
A: CHITINASE A

A: CHITINASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3392
ポリマ－117,3392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.100, 133.900, 59.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PEPTIDE: GLY 190 - PHE 191 / 2: CIS PEPTIDE: GLU 315 - PHE 316 / 3: CIS PEPTIDE: TRP 539 - GLU 54

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要素

#1: タンパク質 CHITINASE A


分子量: 58669.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / プラスミド: PBR322 DERIVATIVE GENE: / 参照: UniProt: P07254, chitinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: microdialysis / 詳細: Vorgias, C. E., (1992) J. Mol. Bio., 226, 897.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMsodium phosphate11
21 mMEDTA11
3100 mM11NaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 38115 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Observed criterion σ(I): 12.5 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.162 -
obs0.162 38115
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 0 332 4454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.7793
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.9615
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.2366
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.6048
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.040.037
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.045
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.014
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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