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- PDB-1cqw: NAI COCRYSTALLISED WITH HALOALKANE DEHALOGENASE FROM A RHODOCOCCU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cqw
タイトルNAI COCRYSTALLISED WITH HALOALKANE DEHALOGENASE FROM A RHODOCOCCUS SPECIES
要素HALOALKANE DEHALOGENASE; 1-CHLOROHEXANE HALIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / A/B HYDROLASE FOLD / DEHALOGENASE I-S BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Newman, J. / Peat, T.S. / Richard, R. / Kan, L. / Swanson, P.E. / Affholter, J.A. / Holmes, I.H. / Schindler, J.F. / Unkefer, C.J. / Terwilliger, T.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Haloalkane dehalogenases: structure of a Rhodococcus enzyme.
著者: Newman, J. / Peat, T.S. / Richard, R. / Kan, L. / Swanson, P.E. / Affholter, J.A. / Holmes, I.H. / Schindler, J.F. / Unkefer, C.J. / Terwilliger, T.C.
履歴
登録1999年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE; 1-CHLOROHEXANE HALIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5883
ポリマ－33,3341
非ポリマー2542
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.550, 79.230, 42.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE; 1-CHLOROHEXANE HALIDOHYDROLASE


分子量: 33334.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COCRYSTALLIZED WITH NAI / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / プラスミド: PTRCHIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59336, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20-25% PEG 1.5K, 0.1M MES pH 5.5 0.3M NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-SO41drop
31 mMEDTA1drop
4150 mMammonium sulfate1drop
525 %PEG15001reservoir
60.1 MMES1reservoir
70.3 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→12.9 Å / Num. all: 222118 / Num. obs: 47965 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Num. unique all: 5826 / % possible all: 78.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 222118 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.5→12.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1371216.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 2350 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 46900 91.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→12.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2358 0 2 394 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.132.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 383 5.4 %
Rwork0.188 6694 -
obs--84.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rfree: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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