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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cp6 | |||||||||
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タイトル | 1-BUTANEBORONIC ACID BINDING TO AEROMONAS PROTEOLYTICA AMINOPEPTIDASE | |||||||||
![]() | PROTEIN (AMINOPEPTIDASE) | |||||||||
![]() | HYDROLASE / AMINOPEPTIDASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Depaola, C.C. / Bennett, B. / Holz, R.C. / Ringe, D. / Petsko, G.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: 1-Butaneboronic acid binding to Aeromonas proteolytica aminopeptidase: a case of arrested development. 著者: De Paola, C.C. / Bennett, B. / Holz, R.C. / Ringe, D. / Petsko, G.A. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Aeromonas Proteolytica Aminopeptidase: A Prototypical Member of the Co-Catalytic Zinc Family 著者: Chevrier, B. / Schalk, C. / D'Orchmont, H. / Rondeau, J.-M. / Moras, D. / Tarnus, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 380.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ampS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31427.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BUB / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS PH 8.0, 100 MM KSCN, 4.5 M NACL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月15日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 23658 / % possible obs: 84.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 / % possible all: 46.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 163530 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: 1AMP 解像度: 1.9→10 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→10 Å / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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