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- PDB-1com: THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1com
タイトルTHE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION
要素CHORISMATE MUTASE
キーワードCHORISMATE MUTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, AroH class / Chorismate mutase type I / Chorismate mutase domain profile. / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PREPHENIC ACID / Chorismate mutase AroH
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chook, Y.M. / Ke, H. / Lipscomb, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The monofunctional chorismate mutase from Bacillus subtilis. Structure determination of chorismate mutase and its complexes with a transition state analog and prephenate, and ...タイトル: The monofunctional chorismate mutase from Bacillus subtilis. Structure determination of chorismate mutase and its complexes with a transition state analog and prephenate, and implications for the mechanism of the enzymatic reaction.
著者: Chook, Y.M. / Gray, J.V. / Ke, H. / Lipscomb, W.N.
履歴
登録1994年4月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHORISMATE MUTASE
B: CHORISMATE MUTASE
C: CHORISMATE MUTASE
D: CHORISMATE MUTASE
E: CHORISMATE MUTASE
F: CHORISMATE MUTASE
G: CHORISMATE MUTASE
H: CHORISMATE MUTASE
I: CHORISMATE MUTASE
J: CHORISMATE MUTASE
K: CHORISMATE MUTASE
L: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,13121
ポリマ－174,09512
非ポリマー2,0369
水9,062503
1
A: CHORISMATE MUTASE
B: CHORISMATE MUTASE
C: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2026
ポリマ－43,5243
非ポリマー6793
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
2
J: CHORISMATE MUTASE
K: CHORISMATE MUTASE
L: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7504
ポリマ－43,5243
非ポリマー2261
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
3
D: CHORISMATE MUTASE
E: CHORISMATE MUTASE
F: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2026
ポリマ－43,5243
非ポリマー6793
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
4
G: CHORISMATE MUTASE
H: CHORISMATE MUTASE
I: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9765
ポリマ－43,5243
非ポリマー4522
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.400, 68.300, 102.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.40172, 0.7539, 0.51985), (-0.15728, 0.50244, -0.85018), (-0.90216, -0.4233, -0.08326)
ベクター: 17.3616, 52.3834, 89.9799)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. SIMILAR TRANSFORMATIONS WILL TRANSFORM CHAIN *C* ONTO *B* AND CHAIN *A* ONTO *C*.

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要素

#1: タンパク質
CHORISMATE MUTASE


分子量: 14507.915 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P19080, chorismate mutase
#2: 化合物
ChemComp-PRE / PREPHENIC ACID / プレフェン酸


分子量: 226.183 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.3 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein11
25 mMTris-HCl12
31 mMbeta-mercaptoethanol12
40.5 mM12NaN3
50.1 mMEDTA12
611-12 %(w/v)PEG335012

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 80528 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 208894 / Rmerge(I) obs: 0.055

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13511 0 153 1509 15173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.84
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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