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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1com | ||||||
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タイトル | THE MONOFUNCTIONAL CHORISMATE MUTASE FROM BACILLUS SUBTILIS: STRUCTURE DETERMINATION OF CHORISMATE MUTASE AND ITS COMPLEXES WITH A TRANSITION STATE ANALOG AND PREPHENATE, AND IMPLICATIONS ON THE MECHANISM OF ENZYMATIC REACTION | ||||||
要素 | CHORISMATE MUTASE | ||||||
キーワード | CHORISMATE MUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chook, Y.M. / Ke, H. / Lipscomb, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: The monofunctional chorismate mutase from Bacillus subtilis. Structure determination of chorismate mutase and its complexes with a transition state analog and prephenate, and ...タイトル: The monofunctional chorismate mutase from Bacillus subtilis. Structure determination of chorismate mutase and its complexes with a transition state analog and prephenate, and implications for the mechanism of the enzymatic reaction. 著者: Chook, Y.M. / Gray, J.V. / Ke, H. / Lipscomb, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1com.cif.gz | 359.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1com.ent.gz | 296.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1com.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1com_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1com_full_validation.pdf.gz | 505 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1com_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1com_validation.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1com ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1com | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.40172, 0.7539, 0.51985), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. SIMILAR TRANSFORMATIONS WILL TRANSFORM CHAIN *C* ONTO *B* AND CHAIN *A* ONTO *C*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14507.915 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P19080, chorismate mutase #2: 化合物 | ChemComp-PRE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.3 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 80528 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 208894 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.84 |