PDB-1cl3: MOLECULAR INSIGHTS INTO PEBP2/CBF-SMMHC ASSOCIATED ACUTE LEUKEMIA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1cl3

タイトル

MOLECULAR INSIGHTS INTO PEBP2/CBF-SMMHC ASSOCIATED ACUTE LEUKEMIA REVEALED FROM THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PEBP2/CBF BETA

要素

POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2

キーワード

GENE REGULATION / STRUCTURE FROM MOLMOL / CORE-BINDING FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / lymphocyte differentiation ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / definitive hemopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / cell maturation / Regulation of RUNX3 expression and activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / osteoblast differentiation / Regulation of RUNX2 expression and activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Goger, M. / Gupta, V. / Kim, W.Y. / Shigesada, K. / Ito, Y. / Werner, M.H.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Molecular insights into PEBP2/CBF beta-SMMHC associated acute leukemia revealed from the structure of PEBP2/CBF beta
著者: Goger, M. / Gupta, V. / Kim, W.Y. / Shigesada, K. / Ito, Y. / Werner, M.H.

履歴

登録	1999年5月4日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	2000年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1cl3.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1cl3.ent.gz	906.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1cl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/1cl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/1cl3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2pk8-1 1fap-d 3pc8-2 5yjd-1 1bxm-1 1kme-1 3ezx-d 4kqp-d 5m34-1 1tn5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)

登録構造単位

A: POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 200	LEAST CONSTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質	POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2 / PEBP2/CBF 分子量: 16228.145 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13951

#1: タンパク質

POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2 / PEBP2/CBF

分子量: 16228.145 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13951

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	CBCA(CO)NH
1	2	1	HN(CA)CB
1	3	1	HNCA
1	4	1	15N-EDITED NOESY
1	5	1	13C-EDITED NOESY
1	6	1	15N-HSQC
1	7	1	DIPSI(CO)NH
1	8	1	HDIPSI(CO)NH
1	9	1	(H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 96% WATER/4% D2O
試料状態	pH: 7 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX500	Bruker	DMX500	500	1
Bruker DMX600	Bruker	DMX600	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.843	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.843		構造決定

精密化

手法: DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE JRNL CITATION

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST CONSTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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