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- PDB-2pk8: Crystal structure of an uncharacterized protein PF0899 from Pyroc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pk8
タイトルCrystal structure of an uncharacterized protein PF0899 from Pyrococcus furiosus
要素Uncharacterized protein PF0899
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PF0899 / PYROCOCCUS FURIOSUS / UNCHARACTERIZED PROTEIN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG
機能・相同性Putative type 4B encapsulin shell protein / Putative type 4B encapsulin shell protein superfamily / Putative type 4B encapsulin shell protein / hypothetical protein PF0899 domain / hypothetical protein PF0899 fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GOLD (I) CYANIDE ION / DUF1884 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Tempel, W. / Chen, L. / Shah, A. / Lee, D. / Clancy-Kelley, L.L. / Dillard, B.D. / Rose, J.P. / Sugar, F.J. / Jenny Jr., F.E. ...Liu, Z.J. / Tempel, W. / Chen, L. / Shah, A. / Lee, D. / Clancy-Kelley, L.L. / Dillard, B.D. / Rose, J.P. / Sugar, F.J. / Jenny Jr., F.E. / Lee, H.S. / Izumi, M. / Shah, C. / Poole III, F.L. / Adams, M.W.W. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Structure of the hypothetical protein PF0899 from Pyrococcus furiosus at 1.85 A resolution.
著者: Kelley, L.L. / Dillard, B.D. / Tempel, W. / Chen, L. / Shaw, N. / Lee, D. / Newton, M.G. / Sugar, F.J. / Jenney, F.E. / Lee, H.S. / Shah, C. / Poole, F.L. / Adams, M.W. / Richardson, J.S. / ...著者: Kelley, L.L. / Dillard, B.D. / Tempel, W. / Chen, L. / Shaw, N. / Lee, D. / Newton, M.G. / Sugar, F.J. / Jenney, F.E. / Lee, H.S. / Shah, C. / Poole, F.L. / Adams, M.W. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Rose, J.
履歴
登録2007年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年5月22日ID: 1SHE
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein PF0899
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8192
ポリマ－11,5701
非ポリマー2491
水68538
1
A: Uncharacterized protein PF0899
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein PF0899
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6394
ポリマ－23,1412
非ポリマー4982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.080, 47.080, 83.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-500-

AUC

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein PF0899


分子量: 11570.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H-S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) ...詳細: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H-S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) UNDER THE DIRECTION OF M.W.W.ADAMS.
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
生物種: Pyrococcus furiosus / 株: DSM 3638, JCM 8422, Vc1 / 遺伝子: PF0899 / プラスミド: pET24D BAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR DE3 PRIL / 参照: UniProt: Q8U2E0
#2: 化合物 ChemComp-AUC / GOLD (I) CYANIDE ION


分子量: 249.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2AuN2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: MODIFIED MICROBATCH USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (10 mg/mL) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 8% PEG 4000 IN 100mM SODIUM ACETATE, pH 3.9, ...詳細: MODIFIED MICROBATCH USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (10 mg/mL) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 8% PEG 4000 IN 100mM SODIUM ACETATE, pH 3.9, TEMPERATURE 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月16日 / 詳細: Rosenbaum
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 9476 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.044
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rsym value: 0.251 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SCA2structure位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.053 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.257 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24249 443 4.7 %RANDOM
Rwork0.20662 ---
all0.2083 8896 --
obs0.2083 8896 97.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.48 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数724 0 3 38 765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7232.0081008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.58125.75833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40615155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.62154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.5493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4892754
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5953300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8954.5254
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 26 -
Rwork0.347 555 -
obs--86.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04691.1847-3.71379.322-10.216118.8312-0.0131-0.3820.15250.22050.124-0.4985-0.7070.4165-0.11090.1183-0.0050.04430.121-0.09790.10754.84522.84415.986
23.25940.9994-3.24050.5362-1.44924.12520.11020.42220.15980.1906-0.12240.2443-0.2566-0.28550.01220.09730.02840.02780.0922-0.00530.03273.66920.7754.635
310.49883.9073-9.40143.0659-4.410912.6535-0.5-0.2747-0.37080.23890.01330.16530.75170.06630.48670.27320.04240.08440.02990.01390.14232.1317.34917.193
427.1427-0.041853.007645.1013-61.8158188.021-3.18210.22830.58241.65091.83794.58224.83291.92131.34420.6612-0.2821-0.02090.2071-0.1170.4062-7.3685.14716.439
55.2904-0.7685-2.75592.0575-1.06595.2956-0.08990.2433-0.3616-0.0666-0.1090.17110.4419-0.40720.19890.1477-0.0270.04370.0826-0.0350.10472.00212.37.466
60.80220.9782-1.69764.4026-3.14917.4803-0.0051-0.12920.06880.2263-0.1975-0.0985-0.3340.16490.20260.04730.00590.01680.07190.00680.06059.70320.9214.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2510 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2AA26 - 3334 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3AA34 - 5042 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4AA51 - 5359 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5AA54 - 7062 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6AA71 - 9479 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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