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- PDB-1c9s: CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX OF TRP RNA-BINDING ATTENUATION PRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c9s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX OF TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN WITH A 53-BASE SINGLE STRANDED RNA CONTAINING ELEVEN GAG TRIPLETS SEPARATED BY AU DINUCLEOTIDES
要素
  • SINGLE STRANDED RNA (55-MER)
  • TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / TRAP / PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSCRIPTION / SINGLE STRANDED RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TRAP-like / Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / RNA / RNA (> 10) / Transcription attenuation protein MtrB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Greaves, R.B. / Chen, X.-P. / Gollnick, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of the trp RNA-binding attenuation protein, TRAP, bound to RNA.
著者: Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Greaves, R.B. / Chen, X. / Gollnick, P.
履歴
登録1999年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: SINGLE STRANDED RNA (55-MER)
A: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
B: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
C: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
D: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
E: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
F: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
G: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
H: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
I: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
J: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
K: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
L: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
M: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
N: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
O: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
P: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
Q: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
R: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
S: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
T: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
U: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
V: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,51946
ポリマ－199,82223
非ポリマー4,69723
水22,7711264
1
A: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
B: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
C: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
D: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
E: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
F: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
G: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
H: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
I: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
J: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
K: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,28223
ポリマ－90,83111
非ポリマー2,45112
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
W: SINGLE STRANDED RNA (55-MER)
L: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
M: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
N: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
O: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
P: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
Q: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
R: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
S: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
T: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
U: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
V: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,23823
ポリマ－108,99112
非ポリマー2,24611
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.970, 111.670, 138.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 SINGLE STRANDED RNA (55-MER)


分子量: 18159.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IN-VITRO TRANSCRIPTION
#2: タンパク質 ...
TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN


分子量: 8257.377 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: PTZSTMTRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG62052/PGP1-2 / 参照: UniProt: Q9X6J6
#3: 化合物...
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 2000 MONOMETHYL ETHER, TRIETHANOLAMINE, MGCL2, K-GLUTAMATE, K-PHOSPHATE, L- TRYPTOPHAN, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
37.5 mML-tryptophan1drop
40.2 Mpotassium glutamate1reservoir
550 mMtriethanolamine1reservoir
610 mM1reservoirMgCl2
79-12 %mPEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 1544402 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / % possible all: 71.7
反射
*PLUS
Num. obs: 154404
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1545 -RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.23 154402 --
obs0.23 152857 96.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11912 1210 345 1264 14731
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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