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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c9d | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF BACTERIAL TRYPTOPHAN SYNTHASE WITH THE TRANSITION STATE ANALOGUE INHIBITOR 4-(2-HYDROXY-4-FLUOROPHENYLTHIO)-BUTYLPHOSPHONIC ACID | ||||||
![]() | (TRYPTOPHAN SYNTHASE ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / 8-FOLD ALPHA-BETA BARREL / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lolis, E. / Sachpatzidis, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic studies of phosphonate-based alpha-reaction transition-state analogues complexed to tryptophan synthase. 著者: Sachpatzidis, A. / Dealwis, C. / Lubetsky, J.B. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Lolis, E. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tryptophan Synthase Alpha 2 Beta 2 Multienzyme Complex from Salmonella typhimurium 著者: Hyde, C.C. / Ahmed, S.A. / Padlan, E.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R. #2: ![]() タイトル: Loop Closure and Intersubunit Communication in Tryptophan Synthase 著者: Schneider, T.R. / Gerhardt, E. / Lee, M. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-TRYPTOPHAN SYNTHASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42988.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 191分子 ![](data/chem/img/HF1.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-HF1 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 12% PEG 4000, 0.75MM SPERMINE, 50MM SODIUM BICINE, 1MM EDTA, 5MM DTT, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→45.9 Å / Num. all: 31780 / Num. obs: 31780 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 11.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / % possible all: 81.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 95.2 % / Num. measured all: 95281 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.6 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: RESTRAINED LEAST SQUARES REFINEMENT. CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION AND SIMULATED ANNEALING PROTOCOLS IMPLEMENTED IN XPLOR.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |