+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c82 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MECHANISM OF HYALURONAN BINDING AND DEGRADATION: STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE IN COMPLEX WITH HYALURONIC ACID DISACCHARIDE AT 1.7 A RESOLUTION | |||||||||
要素 | HYALURONATE LYASE | |||||||||
キーワード | LYASE / PROTEIN-CARBOHYDRATE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Ponnuraj, K. / Jedrzejas, M.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Mechanism of hyaluronan binding and degradation: structure of Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase in complex with hyaluronic acid disaccharide at 1.7 A resolution. 著者: Ponnuraj, K. / Jedrzejas, M.J. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Structural Basis of Hyaluronan Degradation by Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase 著者: Li, S. / Kelly, S.J. / Lamani, E. / Ferraroni, M. / Jedrzejas, M.J. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE SIX RESIDUE HIS TAG WAS NOT SEEN IN THE DENSITY. THE ELECTRON DENSITY OF RESIDUE 731 ...SEQUENCE THE SIX RESIDUE HIS TAG WAS NOT SEEN IN THE DENSITY. THE ELECTRON DENSITY OF RESIDUE 731 SUGGESTS IT IS A VALINE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c82.cif.gz | 172.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1c82.ent.gz | 131.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c82 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83561.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 解説: ESCHERICHIA COLI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q54873, hyaluronate lyase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 |
検出器 | タイプ: OXFORD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→100 Å / Num. all: 495691 / Num. obs: 95261 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Num. unique all: 9367 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 495691 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.7→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 | タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.009 | ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|