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- PDB-1f9g: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f9g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE COCRYSTALLIZED WITH ASCORBIC ACID
要素HYALURONATE LYASE
キーワードLYASE / Ascorbic acid binds to the indole group of Trp292 / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hyaluronate lyase, beta-sheet domain superfamily / : / Hyaluronate lyase, N-terminal beta-sheet domain / : / BppA domain 1 / Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain ...Hyaluronate lyase, beta-sheet domain superfamily / : / Hyaluronate lyase, N-terminal beta-sheet domain / : / BppA domain 1 / Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / Hyaluronate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, S. / Jedrzejas, M.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Vitamin C inhibits the enzymatic activity of Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase.
著者: Li, S. / Taylor, K.B. / Kelly, S.J. / Jedrzejas, M.J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Structural basis of hyaluronan degradation by Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase
著者: Jedrzejas, M.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Mechanism of hyaluronan binding and degradation: Structure of Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase in complex with hyaluronic acid disaccharide at 1.7 angstrom resolution
著者: Jedraejas, M.J.
#3: ジャーナル: To be Published / 年: 2000
タイトル: Crystal structure, enzymatic mechanism and action pattern of Streptococcus agalactiae hyaluronate lyase, comparison with other bacterial polysaccharide lyases
著者: Jedraejas, M.J.
履歴
登録2000年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_ref_seq_dif.details / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYALURONATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7382
ポリマ－83,5621
非ポリマー1761
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.264, 102.666, 103.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer in one assymetry unit.

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要素

#1: タンパク質 HYALURONATE LYASE


分子量: 83561.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54873, hyaluronate lyase
#2: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, sodium cacodylate, dioxane, sodium chloride, ascorbic acid , pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10-100 mM / 一般名: ascorbic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 60317 / Num. obs: 54324 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique all: 1785 / % possible all: 60.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→45 Å / σ(F): 0.001 / σ(I): 0.001 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 531 -random
Rwork0.216 ---
all-54217 --
obs-54217 89.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5781 0 12 266 6059
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 45 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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