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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c6r | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED CYTOCHROME C6 FROM THE GREEN ALGAE SCENEDESMUS OBLIQUUS | ||||||
要素 | CYTOCHROME C6 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSPORT PROTEIN / CYTOCHROME-C6 / REDUCED STATE / PHOTOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Scenedesmus obliquus (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Schnackenberg, J. / Than, M.E. / Mann, K. / Wiegand, G. / Huber, R. / Reuter, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Amino acid sequence, crystallization and structure determination of reduced and oxidized cytochrome c6 from the green alga Scenedesmus obliquus. 著者: Schnackenberg, J. / Than, M.E. / Mann, K. / Wiegand, G. / Huber, R. / Reuter, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c6r.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c6r.ent.gz | 20.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/1c6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/1c6r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9415.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: REDUCED STATE (FE++) / 由来: (天然) Scenedesmus obliquus (植物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN OF CHLOROPLAST / Organelle: CHLOROPLAST / 株: D3 / 参照: UniProt: P57736 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 8505 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rsym value: 14 / Net I/σ(I): 3.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 38.3 / % possible all: 95.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Num. measured all: 34521 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CYJ 解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: OCCUPANCY AND B-FACTOR ARE SET TO ZERO FOR ALL ATOMS THAT ARE NOT DEFINED IN THE FINAL 2FO-FC ELECTRON DENSITY.
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.1995 / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 11.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Num. reflection obs: 265 / Rfactor obs: 0.2474 |