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万見
- PDB-1c5g: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5g
タイトルPLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1
要素PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / SERPIN (セルピン) / SERINE PROTEASE INHIBITOR (セルピン) / PLASMA / PLASMINOGEN ACTIVATION / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / ヘイフリック限界 / ECM proteoglycans / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of cell migration / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-8 production / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Goldsmith, E.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Engineering of plasminogen activator inhibitor-1 to reduce the rate of latency transition.
著者: Tucker, H.M. / Mottonen, J. / Goldsmith, E.J. / Gerard, R.D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Structural Basis of Latency in Plasminogen Activator Inhibitor-1
著者: Mottenen, J. / Strand, A. / Symersky, J. / Sweet, R.M. / Danley, D.E. / Geoghegan, K.F. / Gerard, R.D. / Goldsmith, E.J.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: Preliminary X-Ray Analysis of Crystals of Plasminogen Activator Inhibitor-1
著者: Goldsmith, E.J. / Sheng-Cheng, C. / Danley, D.E. / Gerard, R.D. / Geoghegan, K.F. / Mottenen, J. / Strand, A.
履歴
登録1999年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1101
ポリマ－45,1101
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.590, 47.840, 62.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 / プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1 / PAI-1


分子量: 45109.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LATENT FORM / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPAIST-7HS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05121

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.54
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SDMSDETECTOR SYSTEM (NIELSEN)データ削減
FASTデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→6 Å / Data cutoff high absF: 2
詳細: PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974); PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976); NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976; W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1
反射数%反射
obs12239 87.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 0 0 3013
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PAR19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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