[日本語] English
万見
- PDB-1c3v: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COM... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c3v
タイトルDIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH AND PDC
要素DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TWO-DOMAIN STRUCTURE / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / NADH binding / cell wall / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NADPH binding / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Cirilli, M. / Zheng, R. / Scapin, G. / Blanchard, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The three-dimensional structures of the Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase-NADH-2,6-PDC and -NADPH-2,6-PDC complexes. Structural and mutagenic analysis of relaxed ...タイトル: The three-dimensional structures of the Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase-NADH-2,6-PDC and -NADPH-2,6-PDC complexes. Structural and mutagenic analysis of relaxed nucleotide specificity
著者: Cirilli, M. / Zheng, R. / Scapin, G. / Blanchard, J.S.
履歴
登録1999年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
B: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6067
ポリマ－51,5872
非ポリマー2,0195
水45025
1
A: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
B: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
B: DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,21214
ポリマ－103,1744
非ポリマー4,03910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_755-x+2,-y+1/2,z1
Buried area19130 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area34580 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.831, 118.257, 79.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A by a non-crystallographic binary axis.

-
要素

#1: タンパク質 DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE


分子量: 25793.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72024, UniProt: P9WP23*PLUS, EC: 1.3.1.26
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.4 Å / Num. all: 19713 / Num. obs: 16553 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.29 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 7.11
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Num. unique all: 3306 / % possible all: 88.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.39→30.4 Å / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used torsion-angle molecular dynamics slowcool followed by B factor and positional refinements as implemented in X-PLOR.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.243 736 random
Rwork0.193 --
all0.212 19713 -
obs0.197 16553 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3620 0 133 25 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.452
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedrals_deg26.252
X-RAY DIFFRACTIONx_impropers_deg1.098

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る