ソフトウェア 名称 バージョン 分類 X-PLORモデル構築 CNS0.5 精密化 MAR345データ収集 SCALEPACKデータスケーリング X-PLOR位相決定
精密化 解像度 : 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error : 0.007 / Data cutoff high absF : 243314.93 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : ENGH & HUBER詳細 : Alternate conformations for residues 33, 120, 121 and 122Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.231 1042 4.9 % RANDOM Rwork 0.181 - - - all 0.181 21988 - - obs 0.181 21475 97.7 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 41.84 Å2 / ksol : 0.353 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 18.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 4.11 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.1 Å2 0 Å2 3- - - -4.02 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.25 Å 0.2 Å Luzzati sigma a 0.19 Å 0.14 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2495 0 50 338 2883
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.55 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.9 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2.74 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it4.05 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it6.4 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error : 0.021 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.259 158 4.7 % Rwork 0.214 3204 - obs - - 87.9 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 M_D_MPP.PARM_MPP.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 MO6.PARMO6.TOP
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / バージョン : 0.5 / 分類 : refinement拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg1.55