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- PDB-1c03: CRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c03
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YPD1P (TRICLINIC FORM)
要素HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C
キーワードSIGNALING PROTEIN / FOUR HELICAL BUNDLE / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / protein histidine kinase binding / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphorelay intermediate protein YPD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Song, H.K. / Lee, J.Y. / Lee, M.G. / Suh, S.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Insights into eukaryotic multistep phosphorelay signal transduction revealed by the crystal structure of Ypd1p from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Song, H.K. / Lee, J.Y. / Lee, M.G. / Moon, J. / Min, K. / Yang, J.K. / Suh, S.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of Saccharomyces cerevisiae Ypd1p, a key intermediate in phosphorelay signal transduction
著者: Lee, M.G. / Lee, J.Y. / Song, H.K. / Suh, S.W.
履歴
登録1999年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年2月8日Group: Database references
改定 1.52021年7月7日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C
B: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C
C: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C
D: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3034
ポリマ－77,3034
非ポリマー00
水3,171176
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3261
ポリマ－19,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3261
ポリマ－19,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3261
ポリマ－19,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3261
ポリマ－19,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.343, 66.480, 66.491
Angle α, β, γ (deg.)106.37, 106.66, 115.33
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL PROTEIN YDL235C / YPD1P


分子量: 19325.799 Da / 分子数: 4 / 変異: C-TERMINAL 6 HIS-TAG / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TRICLINIC FORM
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07688
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.36
詳細: PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, Li2SO4, pH 7.36, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 296 K
溶液の組成
*PLUS
濃度: 23 mg/ml / 一般名: protein

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 59932 / Num. obs: 59932 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / % possible all: 85.9
反射
*PLUS
Num. obs: 35254
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1498 5 %Random
Rwork0.206 ---
all0.206 34106 --
obs0.206 34106 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5220 0 0 176 5396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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