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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1byf | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF TC14; A C-TYPE LECTIN FROM THE TUNICATE POLYANDROCARPA MISAKIENSIS | ||||||
![]() | PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN) | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / C-TYPE LECTIN / GALACTOSE-SPECIFIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Poget, S.F. / Legge, G.B. / Bycroft, M. / Williams, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of a tunicate C-type lectin from Polyandrocarpa misakiensis complexed with D -galactose. 著者: Poget, S.F. / Legge, G.B. / Proctor, M.R. / Butler, P.J. / Bycroft, M. / Williams, R.L. #1: ![]() タイトル: Expression of Genes for 2 C-Type Lectins During Budding of the Ascidian Polyandrocarpa-Misakiensis 著者: Shimada, M. / Fujiwara, S. / Kawamura, K. #2: ![]() タイトル: Budding-Specific Lectin Induced in Epithelial Cells is an Extracellular Matrix Component for Stem Cell Aggregation in Tunicates 著者: Kawamura, K. / Fujiwara, S. / Sugino, Y.M. #3: ![]() タイトル: A Calcium-Dependent Galactose-Binding Lectin from the Tunicate Polyandrocarpa Misakiensis. Isolation, Characterization, and Amino Acid Sequence 著者: Suzuki, T. / Takagi, T. / Furukohri, T. / Kawamura, K. / Nakauchi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.1615, -0.0535, -0.9854), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 14042.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PRSETA-LEC 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM AS INCLUSION BODIES 遺伝子 (発現宿主): TC14-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 296分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 7% PEG 8000, 0.2 M ZN(ACETATE) AND 100 MM NA( CACODYLATE), PH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→52.7 Å / Num. obs: 20632 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.185 / % possible all: 87.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 115502 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUE MET A 1 AND MET B 1 IS PRESENT BUT MODELLING WITH ACCEPTABLE GEOMETRY WAS NOT POSSIBLE. A CHAIN OF 5 VERY HIGH ELECTRON DENSITY SPHERES ADJACENT AND ORTHOGONAL TO ...詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUE MET A 1 AND MET B 1 IS PRESENT BUT MODELLING WITH ACCEPTABLE GEOMETRY WAS NOT POSSIBLE. A CHAIN OF 5 VERY HIGH ELECTRON DENSITY SPHERES ADJACENT AND ORTHOGONAL TO THE SIDE-CHAIN OF ASP A 2 AND ASP B 2 WAS MODELLED AS ZN-HOH-ZN-HOH-ZN, BUT THE RESOLUTION IS NOT HIGH ENOUGH FOR UNAMBIGUOUS CHARACTERISATION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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