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万見
- PDB-1bxh: CONCANAVALIN A COMPLEXED TO METHYL ALPHA1-2 MANNOBIOSIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxh
タイトルCONCANAVALIN A COMPLEXED TO METHYL ALPHA1-2 MANNOBIOSIDE
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE CONFORMATION / CON A SACCHARIDE COMPLEX / MOLECULAR RECOGNITION / THERMODYNAMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Moothoo, D.N. / Canaan, B. / Field, R.A. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: Glycobiology / 年: 1999
タイトル: Man alpha1-2 Man alpha-OMe-concanavalin A complex reveals a balance of forces involved in carbohydrate recognition.
著者: Moothoo, D.N. / Canan, B. / Field, R.A. / Naismith, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: A General Method for Co-Crystallisation of Concanavalin a with Carbohydrates
著者: Moothoo, D.N. / Naismith, J.H.
#2: ジャーナル: Glycobiology / 年: 1998
タイトル: Concanavalin a Distorts the B-Glcnac-(1-2)-Man Linkage of B-Glcnac-(1-2)-A-Man- (1-3)-[B-Glcnac-(1-2)-A-Man-(1-6)]-Man Upon Binding,
著者: Moothoo, D.N. / Naismith, J.H.
履歴
登録1998年10月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / entity ...database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _struct_ref_seq.ref_id
改定 1.42018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
C: Concanavalin-A
D: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,99916
ポリマ－102,4904
非ポリマー1,50912
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 119.700, 68.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997798, 0.008762, -0.065744), (0.003385, -0.983214, -0.182423), (-0.066238, -0.182244, 0.98102)36.9761, 67.124, 7.4534
2given(0.789948, -0.613148, 0.005653), (-0.61315, -0.789965, -0.001709), (0.005514, -0.002116, -0.999983)22.637, 66.2953, 62.4157
3given(-0.797869, 0.598344, 0.073408), (0.600399, 0.777812, 0.185823), (0.054089, 0.192337, -0.979837)10.9105, -9.471, 54.9261

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Concanavalin-A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP P02866 residues 164-281, 30-148 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 methyl alpha-D-galactopyranoside-(1-2)-methyl alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 370.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalp[1Me]a1-2DManp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 methyl alpha-D-galactopyranoside-(1-2)-methyl alpha-D-galactopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 370.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalp[1Me]a1-2DGalp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 81分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 13.5% PEG 6K, 1.0M LICL, 0.1M TRIS PH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.6 mMconA1drop
218 mMoligosaccharide1drop
31 mM1dropMnCl2
41 mM1dropCaCl2
520 mMTris-HCl1drop
650 mM1dropNaCl
710 %PEG60001reservoir
80.1 Mcitric acid1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→25 Å / Num. obs: 26568 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 99.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5CNA

5cna


解像度: 2.75→25 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: ONLY PARTIAL MODELS FOR THE LIGAND ARE INCLUDED IN SUBUNITS B AND C DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2636 3 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 26292 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 39.5 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å20 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3----0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 82 73 7391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHBONDS.PROTOPMET.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARMET.PROTOPWATER.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION4PARWATER.PROTOPSUG.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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