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- PDB-1bwj: THE 1.8 A STRUCTURE OF MICROGRAVITY GROWN TETRAGONAL HEN EGG WHIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bwj
タイトルTHE 1.8 A STRUCTURE OF MICROGRAVITY GROWN TETRAGONAL HEN EGG WHITE LYSOZYME
要素PROTEIN (LYSOZYME)
キーワードHYDROLASE / LYSOZYME / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dong, J. / Boggon, T.J. / Chayen, N.E. / Raftery, J. / Bi, R.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Bound-solvent structures for microgravity-, ground control-, gel- and microbatch-grown hen egg-white lysozyme crystals at 1.8 A resolution.
著者: Dong, J. / Boggon, T.J. / Chayen, N.E. / Raftery, J. / Bi, R.C. / Helliwell, J.R.
履歴
登録1998年9月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (LYSOZYME)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.245, 79.245, 38.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (LYSOZYME) / E.C.3.2.1.17 HYDROLASE / GAL D IV / ALLERGEN GAL D 4


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microgravity experiment / pH: 4.7
詳細: CRYSTALLISATION TOOK PLACE IN THE EUROPEAN SPACE AGENCY (ESA) ADVANCED PROTEIN CRYSTALLISATION FACILITY (APCF) ONBOARD THE NASA SPACE SHUTTLE'S LIFE AND MICROGRAVITY SPACELAB (LMS) MISSION ...詳細: CRYSTALLISATION TOOK PLACE IN THE EUROPEAN SPACE AGENCY (ESA) ADVANCED PROTEIN CRYSTALLISATION FACILITY (APCF) ONBOARD THE NASA SPACE SHUTTLE'S LIFE AND MICROGRAVITY SPACELAB (LMS) MISSION (STS-78). A SOLUTION OF 21 MG OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (3 X CRYSTALLIZED, DIALYSED AND LYOPHILIZED POWDER OF CHICKEN EGG WHITE LYSOZYME SUPPLIED BY SIGMA, L-6876 BATCH NUMBER, LOT 53H7145) DISSOLVED IN 250 UL 0.04 M ACETATE BUFFER (PH 4.7) WAS USED TO FILL THE PROTEIN CHAMBER (188 UL). THE SALT CHAMBERS (541 UL) WERE FILLED WITH 1.35 M NACL AND THE BUFFER CHAMBER (59 UL) WITH 0.04 M ACETATE BUFFER (PH 4.7). SODIUM AZIDE WAS ALSO ADDED TO THE PROTEIN AND BUFFER SOLUTION AS AN ANTI-FUNGAL AGENT (1.92 MG PER 188 UL). CRYSTALLISATION TOOK PLACE AT 20+/-0.1 C., microgravity experiment, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: liquid-liquid dialysis / 詳細: microgravity
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
20.04 Macetate110.250ml
31.35 M12NaCl
40.04 Macetate12
1lysozyme1121mg

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 0.7107
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: CARBON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→99 Å / Num. obs: 11846 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 57479
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.74 Å / % possible obs: 45.1 % / Rmerge(I) obs: 0.393

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 193L

193l


解像度: 1.8→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 -5.3 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 10719 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 104 1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.904
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.34
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.248
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.248
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor obs: 0.277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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