[日本語] English
万見
- PDB-1bvo: DORSAL HOMOLOGUE GAMBIF1 BOUND TO DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bvo
タイトルDORSAL HOMOLOGUE GAMBIF1 BOUND TO DNA
要素
  • (DNA DUPLEX) x 2
  • TRANSCRIPTION FACTOR GAMBIF1
キーワードCOMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR/DNA) / TRANSCRIPTION FACTOR / REL PROTEIN / MORPHOGEN / IMMUNITY / DEVELOPMENT / INSECTS / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


system development / cell development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cytokine / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dorsal-related immunity factor Dif / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Dorsal-related immunity factor Dif / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / AGAP009515-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cramer, P. / Varrot, A. / Barillas-Mury, C. / Kafatos, F.C. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Structure of the specificity domain of the Dorsal homologue Gambif1 bound to DNA.
著者: Cramer, P. / Varrot, A. / Barillas-Mury, C. / Kafatos, F.C. / Muller, C.W.
履歴
登録1998年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年1月11日Group: Other
改定 1.42017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: DNA DUPLEX
E: DNA DUPLEX
A: TRANSCRIPTION FACTOR GAMBIF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8063
ポリマ－28,8063
非ポリマー00
水64936
1
D: DNA DUPLEX
E: DNA DUPLEX
A: TRANSCRIPTION FACTOR GAMBIF1

D: DNA DUPLEX
E: DNA DUPLEX
A: TRANSCRIPTION FACTOR GAMBIF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6136
ポリマ－57,6136
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)87.610, 87.610, 96.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: DNA鎖 DNA DUPLEX


分子量: 4584.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA DUPLEX


分子量: 4593.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR GAMBIF1


分子量: 19627.447 Da / 分子数: 1 / Fragment: SPECIFICITY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q17034
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12-5 %PEG4001reservoir
250 mMMES1reservoir
35 mM1reservoirMgCl2
43 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.997
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月16日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 8927 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 93.5 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 88.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 33776 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.5 % / Rmerge(I) obs: 0.286

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.7→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: AT EARLY STAGES, PROGRAM REFMAC WAS USED. TO ACCOUNT FOR AVERAGED BASE PAIRS (D6-D10, E26-E30), TWO STRUCTURES CONTAINING DIFFERENT DNA STRANDS (CHAIN E AND D) WERE REFINED INDIVIDUALLY. AT A ...詳細: AT EARLY STAGES, PROGRAM REFMAC WAS USED. TO ACCOUNT FOR AVERAGED BASE PAIRS (D6-D10, E26-E30), TWO STRUCTURES CONTAINING DIFFERENT DNA STRANDS (CHAIN E AND D) WERE REFINED INDIVIDUALLY. AT A FINAL STAGE, BOTH DNA STRANDS WERE INCLUDED IN THE MODEL AND GIVEN HALF OCCUPANCY. CYS 126 AND CYS 131 ARE IN CLOSE PROXIMITY AND THE ELECTRON DENSITY WOULD ALSO ALLOW MODELING OF A DISULPHIDE BRIDGE. THIS MIGHT INDICATE PARTIAL OXIDATION. LOOP 81-84 IS BADLY ORDERED. DURING REFINEMENT, IT HAS BEEN GIVEN AN OCCUPANCY OF 0.5. LYS 222 IS THE LAST RESIDUE IN THE MODEL. THE QUALITY OF ITS ELECTRON DENSITY IS POOR AND DID NOT ALLOW UNAMBIGUOUS MODELING. THE C-TERMINAL DIMERIZATION DOMAIN OF THE REL HOMOLOGY REGION OF GAMBIF1 IS PRESENT IN THE USED CONSTRUCT AND THE CRYSTALS. HOWEVER, IT IS DISORDERED AND COULD NOT BE INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 404 4.7 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 8575 84.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.84 Å2--
2---3.84 Å2-
3---7.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1377 609 0 36 2022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.62.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.62.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.43.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.73.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 51 5 %
Rwork0.436 1013 -
obs--88.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.SOL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る