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- PDB-1btu: PORCINE PANCREATIC ELASTASE COMPLEXED WITH (3S, 4R)-1-TOLUENESULP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1btu
タイトルPORCINE PANCREATIC ELASTASE COMPLEXED WITH (3S, 4R)-1-TOLUENESULPHONYL-3-ETHYL-AZETIDIN-2-ONE-4-CARBOXYLIC ACID
要素ELASTASE
キーワードSERINE PROTEASE / HYDROLASE / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BL / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Inhibition of elastase by N-sulfonylaryl beta-lactams: anatomy of a stable acyl-enzyme complex.
著者: Wilmouth, R.C. / Westwood, N.J. / Anderson, K. / Brownlee, W. / Claridge, T.D. / Clifton, I.J. / Pritchard, G.J. / Aplin, R.T. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a Specific Acyl-Enzyme Complex Formed between Beta-Casomorphin-7 and Porcine Pancreatic Elastase
著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1992
タイトル: Inhibition of Human Serine Proteases by Substituted 2-Azetidinones
著者: Knight, W.B. / Chabin, R. / Green, B.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Specificity, Stability, and Potency of Monocyclic Beta-Lactam Inhibitors of Human Leucocyte Elastase
著者: Knight, W.B. / Green, B.G. / Chabin, R.M. / Gale, P. / Maycock, A.L. / Weston, H. / Kuo, D.W. / Westler, W.M. / Dorn, C.P. / Finke, P.E. / Hagmann, W.K. / Hale, J.J. / Liesch, J. / Maccoss, M. ...著者: Knight, W.B. / Green, B.G. / Chabin, R.M. / Gale, P. / Maycock, A.L. / Weston, H. / Kuo, D.W. / Westler, W.M. / Dorn, C.P. / Finke, P.E. / Hagmann, W.K. / Hale, J.J. / Liesch, J. / Maccoss, M. / Navia, M.A. / Shah, S.K. / Underwood, D. / Doherty, J.B.
#4: ジャーナル: Tetrahedron / 年: 1990
タイトル: Monocyclic Beta-Lactam Inhibitors of Human Leukocyte Elastase
著者: Firestone, R.A. / Barker, P.L. / Pisano, J.M. / Ashe, B.M. / Dahlgren, M.E.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 A Resolution
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
履歴
登録1998年9月1日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3804
ポリマ－25,9281
非ポリマー4513
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.570, 57.930, 74.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ELASTASE / PPE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PORCINE PANCREATIC ELASTASE / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-2BL / (3R)-3-ethyl-N-[(4-methylphenyl)sulfonyl]-L-aspartic acid


分子量: 315.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17NO6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.0
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 %(w/v)protein11
20.1 Msodium acetate11
30.02 %(w/v)sodium azide11
40.1 Msodium sulphate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→23.8 Å / Num. obs: 29200 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.67 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 165584
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97モデル構築
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR精密化
SHELXL-97位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.6→23.8 Å / Num. parameters: 8219 / Num. restraintsaints: 7616 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: REFMAC ALSO USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1168 4 %RANDOM
all0.192 29200 --
obs0.192 -98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2054
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 26 206 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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